摘要
柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)是长线形病毒属(Closterovirus)正义单链RNA病毒,由其引起的柑橘衰退病是柑橘上具有经济重要性的病害,在世界各柑橘产区传播为害。此前研究表明CTV p25基因片段编码的蛋白是其RNA沉默抑制子之一,然而有关CTV该抑制子片段遗传变异的情况尚不清楚。明确不同寄主中CTV强弱毒株系p25基因片段的变异情况,对于了解CTV致病机理以及防控柑橘衰退病都有积极意义。本研究以本实验室保存的甜橙强毒株系TR-L514和弱毒株系CT31、PeraIAC,以及取自柚类的强毒株系CT3、CT22、CT23和弱毒株系CT9,通过分子克隆及序列测定建立CTV p25种群,进而对其遗传多样性和变异水平进行分析。我们对7个种群共177条长度为672bp的序列比对分析发现,在所有的种群中我们共检测到17种不同的单倍型,单个种群内部通常有一种或更多的单倍型出现。CT31种群碱基突变频率最低,为1.72×10~(-4);PeraIAC种群碱基突变频率最高,为4.17×10~(-4)。甜橙中的CTV强毒株种群突变克隆百分比为17.4%,碱基突变频率为2.59×10~(-4),弱毒株种群突变克隆百分比为17.6%,碱基突变频率为2.92×10~(-4);柚类中的CTV强毒株种群突变克隆百分比为11.8%,碱基突变频率为2.94×10~(-4),弱毒株种群突变克隆百分比为14.8%,碱基突变频率为2.76×10~(-4)。在不同寄主CTV不同株系中的p25种群的突变克隆百分比及碱基突变频率均比较接近。在所检测到的34个碱基突变中,碱基替代突变有18个,为主要的碱基突变类型,而碱基插入突变有7个,碱基缺失突变有9个。在18个碱基替代突变中,寄主为甜橙的CTV p25种群检测到2个A→G碱基转换突变,而在寄主为柚类的CTV p25种群没有检测到,其他类型的碱基转换突变在甜橙和柚类CTV p25种群均有检测到。甜橙中发现的7个碱基替代突变有6个是碱基转换,占比高达85.7%,柚类中发现的11个碱基替代突变有7个是碱基转换,占比63.6%。
引文