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1. On the overlap assembly of strings and languages

作者： Srujan Kumar Enaganti ; Oscar H. Ibarra ; Lila Kari ; Steffen Kopecki

关键词：Formal language operations ; DNA computing ; Overlap assembly ; Combinatorial libraries

刊名：Natural Computing

出版年：2017

2. Construction of a full-length infectious cDNA clone of Cowpea mild mottle virus

作者： Silvia L. Carvalho ; Tatsuya Nagata ; Bruna R. Junqueira ; Larissa G. Zanardo…

关键词：Carlavirus ; Cowpea mild mottle virus ; Infectious clone ; Overlap extension PCR ; Gibson assembly

刊名：Virus Genes

出版年：2017

3. Root transcriptomes of two acidic soil adapted Indica rice genotypes suggest diverse and complex mechanism of low phosphorus tolerance

作者： Wricha Tyagi ; Mayank Rai

关键词：RNAseq ; Low phosphorus tolerance ; Differentially expressed genes ; Indica ; type rice

刊名：Protoplasma

出版年：2017

4. Graph mining for next generation sequencing: leveraging the assembly graph for biological insights

作者： Julia Warnke-Sommer ; Hesham Ali

关键词：Next generation sequence assembly ; Graph mining ; Metagenomics ; Crohn’s disease

刊名：BMC Genomics

出版年：2016

5. Superstring Graph: A New Approach for Genome Assembly

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2016

6. OPTIMA: sensitive and accurate whole-genome alignment of error-prone genomic maps by combinatorial indexing and technology-agnostic statistical analysis

作者： Davide Verzotto ; Audrey S. M. Teo ; Axel M. Hillmer ; Niranjan Nagarajan

关键词：Optical mapping ; Genomic mapping ; Glocal alignment ; Overlap alignment ; Map ; to ; sequence alignment

刊名：GigaScience

出版年：2016

7. FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly of Reads Data

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2016

8. Outfix-Guided Insertion

关键词：Language operations ; Closure properties ; Regular languages

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2016

9. SAGE: String-overlap Assembly of GEnomes

作者：Lucian Ilie (2)
Bahlul Haider (2)
Michael Molnar (2)
Roberto Solis-Oba (2)

2. Department of Computer Science ; University of Western Ontario ; N6A 5B7 ; London ; Ontario ; Canada

关键词：De novo genome assembly ; DNA sequencing ; String ; overlap graph

刊名：BMC Bioinformatics

出版年：2014

10. Hierarchical Assembly of Pools

关键词：assembly reconciliation ; hierarchical assembly ; pool sequencing ; next ; generation ; sequencing

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2015

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