基于RNA-seq数据发掘药用野生稻MYB转录因子家族抗旱基因
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- 论文作者：夏昌选 ; 戴双凤 ; 谢海媚 ; 刘向东 ; 陈志雄
- 年：2014
- 作者机构：华南农业大学农学院;
- 论文关键词：药用野生稻 ; 转录组测序 ; 抗旱 ; MYB转录因子
- 会议召开时间：2014-12-19
- 会议录名称：广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会论文及摘要汇编
- 英文会议录名称：Theses and Abstracts Compilation of 9th Conference on Genetics,Guangdong
- 语种：中文
- 分类号：S511.9;Q943.2
- 学会代码：GDKL
- 会议名称：广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会
- 会议地点：中国广东广州
- 主办单位：广东省遗传学会
- 学会名称：广东省科学技术协会科技交流部
- 页数：1
- 文件大小：60k
- 原文格式：O
- 会议级别：地方
摘要
药用野生稻(Oryzaofficinalis Wall.)基因组为CC染色体组野生稻,生长环境恶劣,积累了大量栽培稻所缺乏的抗性基因。转录组测序(RNA-seq)技术是在转录组水平上开展功能基因组学研究的强有力的工具,为非模式植物功能基因的发掘提供一个有效的方法。MYB转录因子家族在水稻抗逆胁迫过程中起着重要作用。本研究分析了20%PEG模拟干旱处理的四叶期药用野生稻与未处理组的转录谱测序(RNA-seq)数据,筛选出1 54个转录本属于MYB转录因子家族,通过序列分析,发现54个转录本具有完整编码区。有三个基因响应干旱处理,分别命名为OoMYB1、OoMYB2和OoMYB3。对这三个基因进行基因组序列扩增,结果表明,OoMYB1有两个外显子和一个长为249bp的内含子;OoMYB2有三个外显子与两个长为536bp与126bp的内含子;OoMYB3只有一个外显子没有内含子,但可推测其可能还有其他剪切方式。应用q-RTPCR技术分析这三个基因及其日本晴中同源基因在相应处理后表达水平的改变,OoMYB1在处理后表达上调且其上调倍数(50倍)显著大于其栽培稻同源基因的上调倍数(7倍);OoMYB2与其栽培稻同源基因处理后都上调,两者上调倍数没有显著差异;OoMYB3处理后表达下调,而其栽培稻同源基因表达上调。为了更深入了解基因的功能,分别构建了OoMYB1和OoMYB2增强表达载体,利用农杆菌介导法转化梗稻日本晴,获得阳性转基因株系,对转化OoMYB1的T1代转基因植株四叶期幼苗非生物胁迫处理,初步分析发现转OoMYB1株系抗旱能力增强。进一步利用酵母双杂系统进行蛋白质转录激活活性验证,结果显示,OoMYB3具有转录活性。将候选基因蛋白与荧光蛋白融合并瞬时表达于水稻原生质分析其蛋白质的亚细胞定位,结果显示,OoMYB1为核质共定位蛋白;OoMYB2为质体定位蛋白;OoMYB3为核定位蛋白。
引文