基于XO复合计算化学方法和密度泛函理论计算蛋白-配体结合能
详细信息 查看官网全文
- 英文论文题名：Protein-Ligand Binding Energy Calculation Based on XO Method and DFT
- 论文作者：饶立 ; 万坚 ; 徐昕
- 英文论文作者：Rao ; Li ; Jian ; Wan ; Xu ; Xin ; College of Chemistry ; Central China Normal University ; Department of Chemistry ; Fudan University
- 年：2016
- 作者机构：华中师范大学化学学院;复旦大学化学系;
- 论文关键词：XO复合计算化学方法 ; QM/MM ; 密度泛函 ; 蛋白-配体相互作用
- 会议召开时间：2016-07-01
- 会议录名称：中国化学会第30届学术年会摘要集-第十八分会：电子结构理论方法的发展与应用
- 语种：中文
- 分类号：TQ460.1;O641
- 学会代码：ZGHY
- 会议名称：中国化学会第30届学术年会-第十八分会 ; 电子结构理论方法的发展与应用
- 会议地点：中国辽宁大连
- 主办单位：中国化学会
- 学会名称：中国化学会
- 页数：1
- 文件大小：137k
- 原文格式：D
- 会议级别：全国
摘要
实现蛋白药物间相互作用的精确计算是计算机辅助药物筛选和理性药物设计的基础。其主要难点在于同时满足精确描述蛋白与药物分子间弱相互作用所需的精确度以及处理巨大蛋白药物复合体系所需的计算量。我们设计了一个基于XO复合计算化学方法和密度泛函理论的蛋白-配体结合能计算方法。该方法利用密度泛函理论的高精度准确描述蛋白药物间相互作用,同时利用XO复合计算化学方法对巨大蛋白质-配体复合体系进行分块计算以显著降低计算量。由于包括溶剂化作用和熵变都可以由密度泛函理论计算得到,因此与当前流行的蛋白药物相互作用经验计算方法相比,该计算可望具有不依赖经验参数、计算精度高等优点。我们在多种具有代表性的蛋白抑制剂体系上测试了该计算方法,结果表明理论计算结果能很好的与实验数据相符合。
We carry out theoretical investigations of protein-ligand binding energy based on the combination of XO hybrid chemistry method and density functional theory.The calculation results revealed that we could expect an empirical parameter independent and accurate protein-ligand binding energy calculation method in the near future.
We carry out theoretical investigations of protein-ligand binding energy based on the combination of XO hybrid chemistry method and density functional theory.The calculation results revealed that we could expect an empirical parameter independent and accurate protein-ligand binding energy calculation method in the near future.
引文
[1]Rao,Li,Zhang,Igor Ying,Guo,Wenping,Feng,Li,Meggers,Eric,Xu,Xin*,Journal of Computational Chemistry,2013,34(19):1636-1646。