地衣芽孢杆菌几丁质酶的生物信息学分析
摘要
目的应用生物信息学的方法预测地衣芽孢杆菌几丁质酶的结构与功能。方法登陆NCBI数据库搜索目标酶的氨基酸序列,用生物信息学软件ProtParam、SIGNALIP、SWISS-MODEL等预测该酶的理化性质、信号肽及跨膜区、空间结构等。结果该酶是由693个氨基酸组成的蛋白质,相对分子质量为77803.79,分子式为C_(3483)H~(5251)N~(937)O~(1059)S~(19),理论等电点为5.42,不稳定系数为33.82,亲水性系数为-0.590,二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲所占比分别为15.73%、26.55%和57.72%。结论地衣芽孢杆菌几丁质酶为一种亲水性蛋白,有磷酸化、乙酰化位点,有信号肽,可分泌,可能作为一种胞外因子与其他物质共同作用,为其进一步研究提供新方向。
引文
[1]王迪轩.地衣芽孢杆菌在蔬菜生产上的应用[J].农药市场信息,2018,633(24):53.
[2]姜竹峪,陈羽,魏锦兴等.几丁质酶研究进展[J].沈阳药科大学学报,2016,33(5):414-418.
[3]龚福明,何彩梅,唐小艳,et al.微生物几丁质酶的研究进展及应用现状[J].中国酿造,2017(08):26-31.
[4]肖景惠.一种几丁质酶基因的克隆表达及酶解产物分析[J].微生物学通报,2016,43(10):2179-2186.
[5]PATELS,GOYALA.Chitin and chitinase:Role in pathogenicity,allergenicity and health[J].Int J Biol Macromol,2017,1864(9):1253-1259.
[6]张德峰,付玉荣,伊正君.结核分枝杆菌Car D蛋白结构与功能的生物信息学分析[J].中国病原生物学杂志,2017(07):17-20.
[7]孟利强,沙长青,张先成,et al.粘质沙雷氏菌几丁质酶基因Chi A克隆及生物信息学分析[J].微生物学杂志,2016,36(1).
[8]贺哲,王园秀,张圣洁,等.猕猴桃几丁质酶基因克隆及生物信息学分析[J].现代食品科技,2018,40(6):1241-1247.
[9]结核分枝杆菌调节蛋白Rel A的原核表达及多克隆抗体制备[J].细胞与分子免疫学杂志,2012,28(2):170-173.
[10]钟万芳,郭慧芳,丁少军,等.黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测[J].江苏农业学报,2011,27(5):1000-1006.
[2]姜竹峪,陈羽,魏锦兴等.几丁质酶研究进展[J].沈阳药科大学学报,2016,33(5):414-418.
[3]龚福明,何彩梅,唐小艳,et al.微生物几丁质酶的研究进展及应用现状[J].中国酿造,2017(08):26-31.
[4]肖景惠.一种几丁质酶基因的克隆表达及酶解产物分析[J].微生物学通报,2016,43(10):2179-2186.
[5]PATELS,GOYALA.Chitin and chitinase:Role in pathogenicity,allergenicity and health[J].Int J Biol Macromol,2017,1864(9):1253-1259.
[6]张德峰,付玉荣,伊正君.结核分枝杆菌Car D蛋白结构与功能的生物信息学分析[J].中国病原生物学杂志,2017(07):17-20.
[7]孟利强,沙长青,张先成,et al.粘质沙雷氏菌几丁质酶基因Chi A克隆及生物信息学分析[J].微生物学杂志,2016,36(1).
[8]贺哲,王园秀,张圣洁,等.猕猴桃几丁质酶基因克隆及生物信息学分析[J].现代食品科技,2018,40(6):1241-1247.
[9]结核分枝杆菌调节蛋白Rel A的原核表达及多克隆抗体制备[J].细胞与分子免疫学杂志,2012,28(2):170-173.
[10]钟万芳,郭慧芳,丁少军,等.黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测[J].江苏农业学报,2011,27(5):1000-1006.