东太平洋深海沉积物中DNA的提取及细菌多样性初步分析

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• 出版年：2008
• 作者：李友训；李富超；秦松；曾志刚；秦蕴珊
• 单位1：中国科学院海洋研究所
• 单位2：中国科学院研究生院
• 出生年：1976
• 学历：博士
• 语种：中文
• 作者关键词：深海沉积物；DNA；DGGE
• 起始页：69
• 总页数：6
• 经费资助：中国科学院知识创新工程项目(2007-1,KZCX3-SW-223,KSCX-2-YW-G-022)；中国大洋协会项目(DYXM-115-02-2-17)
• 刊名：海洋科学
• 是否内版：否
• 刊频：月刊
• 创刊时间：1977
• 主管单位：中国科学院
• 主办单位：中国科学院海洋研究所
• 主编：侯一筠
• 地址：青岛南海路7号
• 邮编：266071
• 电子信箱：MSJ@ms.qdio.ac.cn
• 网址：Http：//msj.qdio.ac.cn
• 卷：32
• 期：12
• 期刊索取号：P226.06 449-22

摘要

以东太平洋海隆附近深海柱状沉积物为材料，通过化学裂解和酶消化相结合的方法提取了沉积物微生物的总基因组DNA，并进行了纯化。结果表明所得到的DNA分子片段大小在21kb左右，纯化后的DNA可直接用于PCR等分子生物学操作。细菌16SrDNA V3可变区的PCR-DGGE图谱展示出15条以上条带，表明深海沉积物中细菌多样性较高，群落结构比较复杂。对其中9条主要条带进行回收、测序和系统发育分析，结果表明所获得的序列分属放线菌门(Actinobacteria)，绿弯菌门(Chloroflexi)，γ-变形细菌亚门(Gamma-Droteobacteria)，α-变形细菌亚门(AIDha-Droteobacteria)和嗜酸菌门(Acidobacteria)5个大类群。