Smith-Waterman算法OpenMP并行化

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• 出版年：2010
• 作者：张瑜；王继东
• 单位1：西北师范大学计算机科学与技术系
• 出生年：1985
• 学历：硕士研究生
• 语种：中文
• 作者关键词：OpenMP；Smith；-Waterman算法；并行编程
• 起始页：37
• 总页数：4
• 刊名：自动化技术与应用
• 是否内版：否
• 刊频：月刊
• 主办单位：中国自动化学会；黑龙江省自动化学会；黑龙江省科学院自动化研究所
• 主编：吴冈
• 地址：哈尔滨市开发区汉水路165号
• 邮编：150090
• 电子信箱：zdhjs@vip.163.com；zdhjs@caauto.com.cn
• 网址：http://www.caauto.com.cn
• 卷：29
• 期：1
• 期刊索取号：P846.06 239
• 数据库收录：中国学术期刊综合评价数据库来源期刊；中国核心期刊数据库；中文科技期刊数据库收录；中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊；中国期刊全文数据库全文收录期刊
• 核心期刊：中国核心期刊数据库

摘要

基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理，其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高，但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明，共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%。