Ein stabil protoniertes Adenin-Nukleotid mit einem extrem verschobenen pKa-Wert stabilisiert die Tertiärstruktur eines GTP-bindenden RNA-Aptamers
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- 作者：Antje C. Wolter ; A. Katharina Weickhmann ; Amir H. Nasiri ; Katharina Hantke ; Dr. Oliver Ohlenschlä ; ger ; Dr. Christoph H. Wunderlich ; Prof. Dr. Christoph Kreutz ; Dr. Elke Duchardt-Ferner and Prof. Dr. Jens Wö ; hnert
- 刊名：Angewandte Chemie
- 出版年：2017
- 出版时间：January 2, 2017
- 年：2017
- 卷：129
- 期：1
- 页码：412-415
- 全文大小：2276K
- ISSN：1521-3757
文摘
RNA-Tertiärstrukturmotive werden durch viele verschiedene Wasserstoffbrücken stabilisiert. Protonierte A- und C-Nukleotide werden normalerweise nicht als geeignete Bausteine für solche Motive betrachtet, da ihre pKa-Werte weit vom physiologischen pH-Wert entfernt sind. Hier beschreiben wir die NMR-Struktur eines in vitro selektierten GTP-bindenden RNA-Aptamers gebunden an GTP mit einer sehr komplexen Tertiärstruktur. Es enthält ein neuartiges, durch ein protoniertes A stabilisiertes Basenquartett. Aufgrund der besonderen strukturellen Umgebung innerhalb des Basenquartetts im GTP-Komplex ist der pKa-Wert für die Protonierung dieses A-Nukleotides im Vergleich zum pKa-Wert für A-Nukleotide in einzelsträngiger RNA um mehr als fünf pH-Einheiten verschoben. Dies ist die größte bisher beschriebene Verschiebung des pKa-Wertes für ein A in strukturierten Nukleinsäuren. Sowohl die Vorfaltung der RNA als auch die Ligandenbindung tragen zu dieser Verschiebung des pKa-Wertes bei.