El objetivo principal del médico será diferenciar una patología orgánica de una funcional. Para ello, la historia clínica deberá incidir sobre las características del dolor y la presencia de síntomas de alarma, del mismo modo que será necesaria una exploración física cuidadosa.
Una vez que dispongamos de un diagnóstico de sospecha, elegiremos las exploraciones más adecuadas, con el fin de confirmarlo o descartarlo, evitando en lo posible el uso de técnicas invasivas, costosas e innecesarias.
El dolor abdominal funcional u otros trastornos funcionales digestivos deberán ser considerados una vez que ha sido descartada una organicidad subyacente con la suficiente confianza.