Si en criminalistique les identifications sont comparatives, en France elles ne peuvent être conduites, soit à des fins médicales ou scientifiques, qu'après avoir obtenu préalablement le consentement de la personne (article L. 145-15 du Code de la Santé publique), soit dans le cadre d'une procédure d'enquête ou d'instruction diligentée lors d'une procédure judiciaire. En paléoanthropologie, ce qui est recherché c'est l'étude des liens de parenté entre différents inhumés d'un cimetière, l'évolution des populations du passé et le diagnostic des maladies infectieuses dans ces populations. Différents exemples sont présentés et les perspectives futures, tant scientifiques qu'éthiques, sont esquissées.
La publication de la première séquence d’ADN ancien peut être considérée comme le début de la paléogénomique. Cette première séquence a été obtenue à partir d’un spécimen, taxidermisé et conservé dans un musée, un quagga, mammifère éteint et apparenté au zèbre. L’ADN a été extrait à partir de ce spécimen de quagga, cloné dans une bibliothèque bactérienne et puis séquencé sans qu’aucune séquence n’ait été particulièrement sélectionnée. Il a fallu attendre 17 ans et des progrès de la technique de PCR avant que deux groupes réussissent à séquencer indépendamment le génome mitochondrial complet de plusieurs espèces de moa, éteintes elles aussi. À peine quatre ans plus tard, en utilisant l’approche originale de clonage sans sélection d’un extrait d’ADN ancien suivi par une étape de clonage aléatoire, les premières séquences nucléaires anciennes ont été déterminées, cette fois-ci à partir de l’ours de cavernes éteint. Depuis ces réussites initiales, la paléogénomique a rapidement pris son essor, conséquence, d’une part, d’une évolution technologique et, d’autre part, d’un intérêt accru pour la recherche sur l’ADN ancien. Des nouvelles méthodes développées depuis la publication de la séquence de l’ours des cavernes ont permis la production de séquences d’ADN nucléaire à l’échelle de la mégabase à partir de deux espèces éteintes, le mammouth et l’homme de Neandertal, notre parent le plus proche. Pour les deux espèces, des projets de séquençage de faible couverture ont été proposés. Il est probable que ces projets aboutiront, compte tenu du rythme de développement rapide des techniques de séquençage. Cette revue analyse soigneusement à la fois les promesses et les limites actuelles des analyses paléogénomiques de l’ADN mitochondrial et nucléaire.
Parmi les Mammifères, l’ordre des Rongeurs est de loin le mieux représenté (484 genres, comprenant 2277 espèces) à travers le monde. L’histoire évolutive et la systématique de ce groupe ont largement été étudiées par le biais de données paléontologiques, morphologiques et moléculaires. Cependant, il persiste certains points de désaccord entre paléontologistes et biologistes moléculaires. L’avancée des techniques de biologie moléculaire, et particulièrement en paléogénétique, permet désormais d’accéder au patrimoine génétique d’organismes disparus depuis plusieurs milliers d’années, mais aussi de pallier certaines limites de la morphologie. Malheureusement, peu de travaux se rapportant aux rongeurs intègrent des données paléogénétiques, malgré l’importante quantité de fossiles et de matériel conservés dans les musées. Nous présentons ici une synthèse des travaux effectués en paléogénétique (phylogénie, diversité génétique, migration) depuis l’origine de la discipline, ainsi que les champs disciplinaires prometteurs dans ce domaine (phylochronologie, paléoparasitologie).
La paléogénétique en paléontologie, archéologie et paléoanthropologie : apports et limites