Se calculó la incidencia a partir de un modelo de Markov sobre historia natural de la infección por VPH. Se estimaron costos directos en pesos colombianos (COP) a partir de eventos generadores de costos identificados en guías nacionales e internacionales. El valor monetario de los procedimientos se basó en manuales tarifarios vigentes (ISS 2001 con ajuste del 30% y SOAT). Las frecuencias de uso se definieron por consenso de expertos. Se incluyeron costos programáticos en tamización (citología) y vacunación (VPH).
Los casos esperados por año para NIC I, NIC II-III y cáncer fueron 177.317, 46.911 y 5.110. El valor de la citología fue de COP$19.070 (US$10,8) y cada dosis de vacuna costó COP$23.700. La tamización representa el mayor costo en el control de la enfermedad (COP$126.933 millones). La vacuna genera un costo adicional de COP$11.977 millones y un ahorro de COP$15.969 millones; este último inició luego de 20 años de introducir la estrategia. Reducir el costo de la vacuna contribuye al ahorro y disminuir el costo de la tamización acorta su tiempo de inicio.
La vacunación contra VPH reduce los costos del control del cáncer de cuello uterino pero requiere una inversión sostenida por un periodo largo de tiempo. La reducción del costo de la vacunación y la tamización traería beneficios económicos importantes, donde las nuevas alternativas tecnológicas pueden jugar un papel relevante.