La première difficulté est diagnostique. Elle est due à la biodiversité de ces agents, nombreux genres de levures et de filamenteux, pour lesquels le biologiste doit savoir utiliser les outils de laboratoire nécessaires à leur isolement et à leur identification.
La seconde difficulté est la prise en charge médicale, qui repose sur une thérapeutique adaptée en fonction des indications mycologiques données par le biologiste, mais qui repose également sur des stratégies de prévention, vis-à-vis des réservoirs endogènes de levures, ou du réservoir environnemental de filamenteux.
Various opportunistic fungal agents are responsible for life-threatening invasive mycoses when host defenses are altered. Bone marrow and solid organ transplantations are risk factors for invasive fungal infections, due to immunosuppressive protocols and to the underlying disease. The diagnosis of such infections is the first hard task, notably because of the biodiversity of these infectious agents belonging to numerous genera of yeasts and filamentous fungi. The second difficulty is the medical management of these diseases. The therapeutic approach must rely on mycological data provided by the laboratory. Beside, prevention strategies must be set up in order to avoid infections from endogenous yeasts or exogenous filamentous fungi.