Se debe considerar en todos los pacientes hospitalizados. Las escalas de estratificación del riesgo de ETV son útiles para discriminar la indicación de profilaxis farmacológica en las que las heparinas de bajo peso molecular son, en general, el fármaco de elección. En pacientes de alto riesgo hemorrágico se deben aplicar métodos mecánicos como medias de compresión o sistemas de compresión neumática intermitente. En pacientes ambulatorios, solo se aconseja profilaxis farmacológica en casos individualizados de cáncer activo bajo tratamiento quimioterápico o con mieloma múltiple en tratamiento combinado (quimioterapia y dexametasona).
La prolongación de la profilaxis tras el alta hospitalaria, por el momento, solo se recomienda en prótesis total de cadera y rodilla y en cirugía abdominal por cáncer.