Mise en place du diagnostic moléculaire de tubulopathies rénales héréditaires par un panel NGS

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• 作者：R. Vargas-Poussou¹ ; ² ; ^{rosa.vargas@aphp.fr" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; N. Lepottier¹ ; I. Roncelin¹ ; C. Simian¹ ; A. Venisse¹ ; V. Boccio¹ ; A. Legrand¹ ; A. Garcia-Castañ ; o¹ ; M.-C. Zennaro¹ ; ² ; X. Jeunemaitre¹ ; ²
• 刊名：Archives de Pediatrie
• 出版年：2016
• 出版时间：June 2016
• 年：2016
• 卷：23
• 期：6
• 页码：637
• 全文大小：148 K

文摘

Les tubulopathies rénales héréditaires sont hétérogènes du point de vue clinique et génétique ; un diagnostic précis permet une meilleure prise en charge. Notre laboratoire réalise le diagnostic génétique de 20 tubulopathies héréditaires pour environ 500 cas index par an. Dans le cadre du réseau européen FP7 EURenOmics le panel Tub MASTR™ a été développé par MULTPLICOM permettant l’analyse de 37 gènes responsables de 22 tubulopathies. Nous avons utilisé ce panel sur MiSeq (Illumina) pour analyser 246 échantillons (14 patients porteurs de mutations connues et 232 nouveaux cas index). L’analyse bio-informatique a été réalisée à l’aide des logiciels SeqNext (JSI), Variant studio et Polydiag. Les gènes cibles des premiers 17 nouveaux cas analysés ont été séquencés en parallèle par Sanger, ainsi que les variations potentiellement pathogènes et les amplicons avec une profondeur inférieure à 30X des autres cas. Ce panel permet de couvrir 490/491 des exons ciblés avec une profondeur moyenne de 2000X. Nous avons détecté 18/19 des variations précédemment identifiées ; la mutation non identifiée est une délétion de 101pb du gène SLC34A3 sur une région répété. Il n’y a pas eu de discordance entre les 2 techniques pour les cas analysés en parallèle. Des variations pouvant expliquer les différentes pathologies ont été détectées dans 22 gènes comme suit : acidose tubulaire proximal 1/1 ; maladie de Dent 3/5 ; diabète phosphaté 11/31 ; hypomagnésémie rénale 3/5 ; hypercalcémie-hypocalciurie familial 15/58 ; hypocalcémie autosomique dominante 2/10 ; syndromes de Bartter et Gitelman 49/73 ; syndrome de Gordon 2/2 ; acidose tubulaire distal 20/28 ; diabète insipide néphrogénique 6/10 et pseudohypoaldosteronisme de type 1 4/9. En conclusion, le panel Tub MASTR permet une identification fiable des variations responsables de tubulopathies héréditaires. Les taux de détection de mutations pour les pathologies les plus souvent analysées sont similaires à ceux observés avec la technique Sanger.