北极海底沉积物中菌群组成分析
- 作者：田菲陈波俞勇李会荣郭晓奎
- 会议时间：2006-08-02
- 关键词：北极 ; 海底沉积物 ; 16S RNA ; 海洋微生物
- 作者单位：田菲,郭晓奎(上海交通大学医学院,病原生物学教研室,上海,200025)陈波,俞勇,李会荣(中国极地研究中心,上海,200129)
- 母体文献：全国海洋生物技术与海洋药物学术会议论文集
- 会议名称：2006全国海洋生物技术与海洋药物学术会议暨全国第九届海洋药物学术研讨会
- 会议地点：大连
- 主办单位：中国药学会
- 语种：chi
摘要
近年来,随着现代分子生物学技术在生物多样性研究中的应用,人们不断加深对极地海洋微生物多样性的认识.目前的研究表明,许多海洋细菌,包括蓝细菌,都归为真细菌,在极地海洋环境中占优势地位,具有很高的生物多样性,存在大量有别于温带、热带海洋细菌的新类群;更为原始的古细菌是存在于极端海洋环境中的重要栖息者.古细菌是近年来发现的最新进展之一,虽然目前在生命树上,该菌的分枝较小,但不能认为就是种类少.一方面,系统进化树的构建过程决定了依赖对具体属种描述记载,才能通过聚类方法展示在已有系统树中.事实上,目前关于古细菌具体属种的微生物学特征描述极少,因而当出现依据新序列数据分析而不能给出常规属种比对归宿时,很可能就是一个以往不清楚的古细菌.本文通过构建16S rRNA基因文库对北极海底沉积物中细菌、古菌多样性进行分析.将获得的16S rRNA基因序列用ClustalX软件进行聚类分析,从每个OTU中挑取部分序列与国际基因数据库GenBank进行相似性比较,用Mega软件构建进化树,结果发现沉积物中的细菌种类大部分序列与已知细菌类群的16SrDNA序列相似性较高,包括α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria和CFB(cytophaga-flexibacter-bacteroides),其中γ-Proteobacteria为优势菌群,部分序列与已知细菌类群的16SrDNA序列同源性较低,可能代表新的分类单位,而古菌种类主要集中在未能培养的泉古菌(Crenarchaeote).研究结果表明,取样部位的海区内不仅含有丰富的微生物物种,并且存在尚未被认识的新物种.这些发现有助于我们增强对极地微生物的认识,并对将来的应用具有重要意义.