猩红热链球菌高通量测序基因组DNA提取方法研究

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英文篇名：Method of genomic DNA extraction for high-throughput sequencing of streptococcus A causing scarlet fever 作者：黄剑塘 ; 李周明 ; 李柏生 ; 连宪强 ; 罗琳 ; 麦炳恩 英文作者：HUANG Jian-tang;LI Zhou-ming;LI Bai-sheng; 关键词：猩红热 ; 链球菌属 ; DNA 中文刊名：GDWF 英文刊名：South China Journal of Preventive Medicine 机构：佛山市南海区疾病预防控制中心;广东省疾病预防控制中心;深圳市大鹏新区公共卫生管理服务中心; 出版日期：2019-02-20 出版单位：华南预防医学 年：2019 期：v.45 基金：广东省医学科研基金项目(A2017482) 语种：中文; 页：GDWF201901021 页数：4 CN：01 ISSN：44-1550/R 分类号：88-90+96

摘要

目的通过改进猩红热链球菌样本前处理方法,提高提取猩红热链球菌基因组DNA的质量,为高通量测序奠定基础。方法采用3种不同的样本前处理方法(方法1为试剂盒推荐法、方法2为加溶菌酶和RNase法、方法3为改良的核酸提取法)提取猩红热链球菌基因组DNA,并对提取的基因组DNA分别进行浓度、纯度以及完整度检测,并进行高通量测序分析。结果方法1提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为2.08、1.02和2.24 ng/μL,A260/A280比值为2.200～2.300,A260/A230比值为0.612～0.823;方法 2提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为4.04、4.46、4.12 ng/μL,A260/A280比值为1.862～1.952,A260/A230比值为1.922～2.150;方法3提取的3株分离株的基因组DNA浓度分别为58.60、50.00、62.60 ng/μL,A260/A280比值为1.802～1.832,A260/A230比值为2.440～2.531。琼脂糖凝胶电泳分析结果显示,仅方法3的电泳条带比较完整,且亮度较亮;以方法3提取的宏基因组DNA热链球菌样本前处理方法会影响基因组DNA的纯度、浓度和产量,改良的猩红热链球菌样本前处理方法可以为后续的高通量测序提供高质量的模板。
        

引文

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