摘要
为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明:转录组数据共获得了226 488条contig序列,其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18 016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个,38.44%),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个,33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个,23.49%),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80%和30.49%;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83%、9.78%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高。
引文
[1]孙俊,孙雯雯,周军永,等. 安徽及周边地区枣种质资源遗传多样性研究[J]. 园艺学报,2015,42(8):1569-1575.
[2]原勤勤,文亚峰,刘儒,等. 枣优良品种亲缘关系的ISSR分析[J]. 经济林研究,2012,30(1):56-61.
[3]王永康,田建保,王永勤,等. 枣树品种品系的AFLP分析[J]. 果树学报,2007,24(2):146-150.
[4]Mrazek J,Guo X,Shah A. Simple sequence repeats inprokaryotic genomes[J]. PNAS,2007,10(4):8472-8477.
[5]王东,曹玲亚,高建平. 党参转录组中SSR位点信息分析[J]. 中草药,2014,46(8):2390-2394.
[6]Kashi Y,King D G.Simple sequence repeat as advantageous mutators in evolution[J]. Trents in Gentic,2006,22(5):253-259.
[7]Lawson M J,Zhang L.Patterns of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genomes[J]. Genome Biology,2006,7(2):R14.
[8]Liu T,Zhu S,Fu L,et al. Development and characterization of 1827 expressed sequence tag-derived simple sequence repeat markers for ramie(Boehmeria nivea L. Gaud)[J]. PLoS One,2013,8(4):e60346.
[9]Eujayl I,Sorrells M,Banm M,et al.Isolation of EST-derived microsatellite markers for genotyping the A and B genomes of wheat[J]. Theoretical and Applied Genetics,2002,104(2):399-407.
[10]麻丽颖,孔德仓,刘华波,等. 36份枣品种SSR指纹图谱的构[J]. 园艺学报,2012,39(4):647-654.
[11]刘秀云,李慧,刘志国,等. 基于SSR标记的255个枣品种亲缘关系和群体遗传结构分析[J]. 中国农业科学,2016,49(14):2772-2791.
[12]姚丹青,楼坚锋,顾芹芹. SNP在农作物遗传分析中的应用[J]. 上海农业科技,2015,6:26-27.
[13]杜改改,孙鹏,索玉静,等. 基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析[J]. 中国农业大学学报,2017,22(10):45-55.
[14]马秋月,戴晓港,陈赢男,等. 枣基因组的微卫星特征[J]. 林业科学,2013,49(12):81-87.
[15]魏琦琦,林青,贾宝光,等. 枣转录组序列的微卫星特征分析[J]. 中南林业科技大学学报,2015,35(6):93-97.
[16]Wang L,Zhao S,Gu C.Deep RNA-Seq uncovers the peach transcriptome landscape[J]. Plant Molecular Biology,2013,83(4/5):365-377.
[17]赵雅楠,王颖,张东杰,等. 小豆SSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J]. 江苏农业科学,2017,45(11):33-37.
[18]雷雨,张雪芳,罗鑫磊,等. 不同成熟期桃品种NAC基因遗传多样性研究[J]. 江苏农业科学,2017,45(22):46-49.
[19]李贝贝,刘崇怀,姜建福,等. 葡萄品种分子鉴定研究进展及展望[J]. 江苏农业科学,2017,45(15):15-20.