小RNA测序结合RT-PCR鉴定一种侵染梨的负义单链RNA病毒
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- 论文作者：刘华珍 ; 王国平 ; 洪霓
- 年：2016
- 作者机构：华中农业大学植物科学技术学院农业微生物学国家重点实验室;
- 论文关键词：RNA测序 ; RT-PCR ; 负义单链RNA病毒
- 会议召开时间：2016-08-05
- 会议录名称：中国植物病理学会2016年学术年会论文集
- 英文会议录名称：Proceedings of the Annual Meeting of Chinese Society for Plant Pathology(2016)
- 语种：中文
- 分类号：S436.612
- 学会代码：ZGVS
- 会议名称：中国植物病理学会2016年学术年会
- 会议地点：中国江苏南京
- 主办单位：中国植物病理学会
- 学会名称：中国植物病理学会
- 页数：1
- 文件大小：40k
- 原文格式：O
- 会议级别：全国
摘要
RNA沉默是植物抗病毒机制之一,小RNA(sRNA)测序及现代生物信息学技术的发展为病毒鉴定提供了一种新手段。本研究采用sRNA测序技术对一株表现疑似病毒病的梨树叶片进行分析,采用Velvet软件对sRNA进行拼接,然后对获得的contigs在NCBI数据库进行BLASTn和BLASTX搜索,鉴定出5个contigs与欧洲山梣环斑病毒属(Emaravirus)的部分病毒的RNA1,RNA3和RNA7编码蛋白存在较低的相似性。根据这些contigs序列设计引物进行RTPCR扩增,获得了这些RNA的部分片段序列,序列比对结果显示,所获片段的核苷酸和推测编码蛋白氨基酸序列与欧洲山梣环斑病毒属病毒基因组及编码蛋白存在一定的相似性(20%~34%),其中,RNA1编码依赖于RNA的RNA复制酶(RdRp),具有该属病毒的RdRp保守基序,初步判断该病毒为一种新的欧洲山梣环斑病毒属病毒。此外,采用该属病毒的保守引物进行RT-PCR扩增,获得了RNA2的部分序列和RNA5全长序列。欧洲山梣环斑病毒属病毒为一类侵染植物的负义单链RNA病毒,本研究首次从梨树上鉴定到类似该属的病毒,并发现该病毒感染与梨树病害症状表现有关,研究结果为加深对梨树病毒病的认识提供了新的信息。
引文