CGSIV基因组学研究

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• 论文作者：李蔚 ; 张欣 ; 董传甫 ; 周天鸿
• 年：2014
• 作者机构：暨南大学生命科学技术学院;中山大学生命科学学院;
• 会议召开时间：2014-12-19
• 会议录名称：广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会论文及摘要汇编
• 英文会议录名称：Theses and Abstracts Compilation of 9th Conference on Genetics,Guangdong
• 语种：中文
• 分类号：S947.3
• 学会代码：GDKL
• 会议名称：广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会
• 会议地点：中国广东广州
• 主办单位：广东省遗传学会
• 学会名称：广东省科学技术协会科技交流部
• 页数：1
• 文件大小：60k
• 原文格式：O
• 会议级别：地方

摘要

中国大鲵(Chinese giant salamander,Andrias davidianus)是国家二级重点保护野生动物。为科学保护中国大鲵,我国许多地区都开展了大鲵驯养繁殖的研究,但最近几年在驯养的中国大鲵中发生了由虹彩病毒引起的病毒性疾病。论文从湖南张家界驯养的中国大鲵病鲵中分离和鉴定了一株虹彩病毒(蛙病毒属),命名为中国大鲵虹彩病毒HN11株(Chinese giant salamander iridovirus strain HN11,CGSIV-HN11),对CGSIV-HN11的基因组进行了测序、分析和ORF注释及转录鉴定。1.病鲵临床症状及CGSIV-HN11的分离、鉴定。从中国湖南张家界大鲵驯养场病鲵上分离出一株病毒。病鲵临床症状为:肿胀的躯体、皮肤出血点和红斑、四肢溃疡等。内脏也有出血、脾肾肝病变,有灰白杂线状损伤、变脆等。病毒感染EPC、MFF-1、FHM和KCF-1细胞。细胞表现出对病毒不同的敏感性。在EPC和MFF-1细胞中病毒复制最快,FCIDs0值最高。FHM细胞对病毒中度敏感,但KCF-1细胞不敏感。电镜下观察分离到的病毒呈有或无囊膜的六边型二十面体结构的虹彩病毒状病毒粒子,直径约140-160 nm。在细胞质中可见晶格状排列和VAS区等。MCP PCR扩增片段比对认为该病毒可能是虹彩病毒蛙病毒。2.CGSIV-HN11基因组分析、ORF划分及注释。经测序后的CGSIV-HN11基因组106,366bp,GC含量为55%,共有27个串联重复序列,其中有2个特异的微卫星序列,一个是重复单位为双核苷酸CA,拷贝数62.5。CMTV,FV3,RGV STIV中也都存在着这个微卫星序列,但拷贝数不一样。另外一个是位于基因组第86,674-86,698碱基位置。这个序列是首次在虹彩病毒科已测序的基因组中发现的微卫星序列,重复单位为三核苷酸CCT,拷贝数8.3。预测了CGSIV-HN11基因组miRNA前体序列,获得19个可能的编码miRNA前体序列。ORF Finder工具推测了编码蛋白的ORF。CGSIV-HN11共有112个ORF,这些ORF编码的蛋白质序列长度从41到1,294氨基酸。分析了推定ORF在基因组的位置,转录方向,序列长度和同源序列的BLASTP搜索结果。鉴定了CGSIV-HN11的虹彩病毒核心基因组26个成员,蛙病毒核心基因组24个成员和ALRV特异基因群13个成员。

引文