简述生物体系模拟中静电处理方法的发展和问题

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• 论文作者：衣沙沙 ; 潘聪 ; 胡中汉
• 年：2016
• 作者机构：吉林大学超分子结构与材料国家重点实验室;吉林大学理论化学研究所;
• 论文关键词：Ewald sum ; 平均场理论 ; SPMF理论
• 会议召开时间：2016-07-01
• 会议录名称：中国化学会第30届学术年会摘要集-第十九分会：化学中的量子与经典动力学
• 语种：中文
• 分类号：O641.3
• 学会代码：ZGHY
• 会议名称：中国化学会第30届学术年会-第十九分会 ; 化学中的量子与经典动力学
• 会议地点：中国辽宁大连
• 主办单位：中国化学会
• 学会名称：中国化学会
• 页数：1
• 文件大小：220k
• 原文格式：D
• 会议级别：全国

摘要

在生物体系的计算机模拟中包含处理大量分子复杂的相互作用。在经典的分子动力学模拟中短程的Van der Waals相互作用可以直接计算,但是对于长程的库伦相互作用发展精确而且有效的方法是一直存在的问题。我们讨论了精确处理静电的三种类型的方法:截断方法,Ewald方法,平均场方法。在讨论中,我们概述了这些方法的公式和发展,强调了三种类型方法之间本质的联系和静电边界条件存在的问题。最后对于方法未来的发展和在生物模拟中的应用进行了展望[1]。另外,这些方法也可以用于处理偶极子之间的相互作用。对于具有二维周期性和三维周期性的三维体系均可以用上述三种方法来处理。

引文

[1]Shasha Yi,Cong Pan and Zhonghan Hu,Chinese Physics B 2015,24,120201