基于SAGE技术的家蚕雄性幼虫高温处理前后差异表达基因筛选及分析
详细信息 查看官网全文
摘要
以家蚕品种"7532"雄性为试验材料,5龄期设置高温组和常温组,解剖家蚕幼虫5龄饷食24h、72h和熟蚕的脂肪体、丝腺和中肠,提取各时期相关组织的总RNA,分别以雄性常温和雄性高温的各时期的混合组织为材料,运用基因表达系列分析(SAGE)技术分别构建家蚕5龄雄性幼虫高温与常温2个SAGE文库,并结合实验室构建的家蚕5龄雌性幼虫高温处理前后SAGE文库,筛选出与性别无关的差异表达显著的热敏感标签和基因进行了分析。成功构建了家蚕5龄雄性幼虫高温处理前后的2个SAGE文库。对构建的雄性常温和高温的2个SAGE文库分析可得,雄性家蚕幼虫常温组和高温组分别有355万和358万个原始标签(tags),通过两个文库的分析比较,获得917个差异显著的基因,其中经高温处理后上调的基因有590个、下调的有327个。为了验证SAGE标签出现的次数是否和对应的基因表达丰度相一致,随机选择了3个基因,用RT-PCR的方法加以验证,结果证明文库的数据是可靠的。基因本体论(GO)分析发现两个文库基因的分布极其相似,说明常温和高温环境下这些基因参与了类似的生理过程。通过对两个家蚕SAGE文库中917个差异显著基因的KEGG路径分析,结果显示有804个基因分布到142个KEGG路径中,大部分的路径与代谢、生物合成和信号传递有关,这有助于鉴定家蚕抗高温基因以及探究基因网络调控机制。通过结合5龄雌性幼虫高温处理前后两个SAGE文库比较分析,筛选差异标签1876个,其中高温后下降的标签955个,高温后上升的标签921个,非性别因素高温敏感性基因318个。其中高温后上调基因124个,下调基因194个。通过对差异基因的GO分析可得在代谢、催化、绑定功能中富集较多。
引文