骆驼斯氏副柔线虫转录组的De novo组装和特征分析
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- 论文作者：王文龙 ; 冯陈晨 ; 红梅 ; 白丽艳
- 年：2016
- 作者机构：内蒙古农业大学兽医学院;
- 论文关键词：斯氏副柔线虫 ; 转录组 ; 生物信息学分析
- 会议召开时间：2016-08-08
- 会议录名称：中国动物学会寄生虫学专业委员会第十届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会论文摘要集
- 英文会议录名称：The Abstracts of the Tenth Symposium for Yong Scientists of China Society of Parasitology
- 语种：中文
- 分类号：S852.731
- 学会代码：JISC
- 会议名称：中国动物学会寄生虫学专业委员会第十届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会
- 会议地点：中国四川成都
- 主办单位：中国动物学会寄生虫学专业青年委员会
- 学会名称：中国动物学会寄生虫学专业委员会
- 页数：1
- 文件大小：603k
- 原文格式：D
- 会议级别：全国
摘要
目的:为了系统了解骆驼斯氏副柔线虫的转录组特征,挖掘重要的功能基因,丰富寄生性线虫的组学数据。方法:以不同发育阶段的斯氏副柔线虫为研究对象,应用Illumina His2000TM高通量测序技术平台对其进行转录组测序,构建四个样本的转录本文库,并经过质量评估,de novo组装和相关生物信息学分析。结果:结果显示每个样本均得到3GB的原始数据,组装拼接后共获得128454个Unigenes,序列片段的平均长度与N50值分别为634bp和1037bp;将Unigenes与COG、Nr、Trembl和Pfam等蛋白数据库进行比对,结果表明比对到Trembl数据库的Unigenes最多为66668(51.90%)个,其次有56107(43.68%)个Unigenes比对到Pfam数据库;有35324(27.50%)个Unigenes比对到COG数据库,根据蛋白种类大致分为25类,主要涉及RNA加工和修饰、能量产生和转换、氨基酸转运和代谢等相关功能蛋白;有38217(29.75%)个Unigenes比对到Nr数据库,并对其进行GO功能分类,5227个Unigenes映射到GO不同的功能节点上,共涉及生物学过程、分子功能和细胞成分三大类47个分支;通过KEGG pathways分析,共有13424个Unigene参与了8155个代谢通路,主要涉及p53信号通路、toll样受体信号通路和脂肪酸生物合成等。结论:本研究首次描绘出斯氏副柔线虫的转录组图谱,为斯氏副柔线虫病的基础理论研究、诊断方法研究及防治研究提供参考依据。
引文