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1. Novel insights into the origin and diversification of photosynthesis based on analyses of conserved indels in the core reaction center proteins

作者： Bijendra Khadka ; Mobolaji Adeolu ; Robert E. Blankenship…

关键词：Evolution of photosynthesis ; Reaction center core proteins ; Conserved indels ; Ancestral sequence reconstruction ; Structural alignments

刊名：Photosynthesis Research

出版年：2017

2. FIERCE: FInding volcanic ERuptive CEnters by a grid-searching algorithm in R

作者： Roberto Carniel ; Silvina Guzmán ; Marco Neri

关键词：Dikes ; Eruptive centersR ; Grid ; searching algorithm ; Eroded volcanoes ; Open source

刊名：Bulletin of Volcanology

出版年：2017

3. Visualizing phylogenetic tree landscapes

作者： James C. Wilgenbusch ; Wen Huang ; Kyle A. Gallivan

关键词：Mitochondrial DNA ; MDS ; NLDR ; Combining data ; Visualization ; Tree landscape ; Bootstrap

刊名：BMC Bioinformatics

出版年：2017

4. mRAISE: an alternative algorithmic approach to ligand-based virtual screening

作者： Mathias M. von Behren ; Stefan Bietz…

关键词：Ligand ; based ; Virtual screening ; Molecular similarity ; Structural alignment ; 3D similarity searching ; Lead discovery

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2016

5. Improved pose and affinity predictions using different protocols tailored on the basis of data availability

作者： Philip Prathipati ; Chioko Nagao…

关键词：Data ; optimal protocol ; Kinetic stability ; Thermodynamic stability ; Docking ; Scoring ; QSAR ; GLMNET

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2016

6. Extrapolative prediction using physically-based QSAR

作者： Ann E. Cleves ; Ajay N. Jain

关键词：QSAR ; QMOD ; Surflex ; Extrapolation ; Binding mode prediction ; Affinity prediction

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2016

7. Molecular characterization and expression analysis of AMPK α subunit isoform genes from Scophthalmus maximus responding to salinity stress

作者： Lin Zeng ; Bin Liu ; Chang-Wen Wu ; Ji-Lin Lei…

关键词：Scophthalmus maximus ; Salinity ; AMPK ; Na+ K+ ; ATPase activity ; RACE

刊名：Fish Physiology and Biochemistry

出版年：2016

8. An integrated Java tool for generating amino acid sequence alignments with mapped secondary structure elements

作者：Conan K. Wang (1)
Andreas Hofmann (2) (3)

1. Institute for Molecular Biosciences ; University of Queensland ; St Lucia ; QLD ; Australia
2. Structural Chemistry Program ; Eskitis Institute ; Griffith University ; Brisbane ; QLD ; Australia
3. Faculty of Veterinary Science ; The University of Melbourne ; Parkville ; VIC ; Australia

关键词：Modelling ; Structure analysis ; Structure ; based amino acid sequence alignments

刊名：3 Biotech

出版年：2015

9. An Extensible Linear Approach for Holistic Ontology Matching

关键词：Ontology matching ; Holistic matching ; Linear approach

刊名：Lecture Notes in Computer Science

出版年：2016

10. Automated protein motif generation in the structure-based protein function prediction tool ProMOL

作者： Mikhail Osipovitch ; Mitchell Lambrecht…

关键词：Template ; based alignment ; ProMOL ; PyMOL ; Molecular visualization ; Structural bioinformatics ; Enzyme ; Catalytic site motif

刊名：Journal of Structural and Functional Genomics

出版年：2015

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