作者：Kiran Dashrath Rasal^a ; ^{kirancife@gmail.com} ; ^{Kiran.Rasal@icar.gov.in} ; Vemlawada Chakrapani^a ; Amrendra Kumar Pandey^a ; Avinash Rambhau Rasal^a ; Jitendra K. Sundaray^a ; Arun Ninawe^b ; Pallipuram Jayasankar^a

关键词：SNP ; single nucleotide polymorphism ; QTL ; quantitative trait loci ; NGS ; next generation sequencing ; ESTs ; expressed sequence tags ; GATK ; Genome Analysis Toolkit ; SSCP ; single strand conformation polymorphism ; GBS ; Genotyping-by-sequencing ; SIFT ; Sorting Intolerant from Tolerant ; nsSNPs ; non-synonymous single nucleotide polymorphisms ; AASs ; amino acid substitutions ; PROVEAN ; Protein Variation Effect Analyzer ; PDB ; Protein Data Bank

刊名：Gene Reports

出版年：2017

作者：Martina Rudgalvyte^a ; ^b ; Juhani Peltonen^a ; Merja Lakso^a ; Garry Wong^b ; ^{Garry.Wong@uef.fi} ; ^{GarryGWong@umac.mo}

关键词：Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) ; RNA sequencing (RNA-seq) ; Heavy metal ; Epigenetics ; Mercury

刊名：Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology

出版年：2017

作者：Xiujuan Zhang^a ; ^b ; Ying Chen^a ; Ying Ye^a ; Jianfeng Wang^c ; Hong Wang^a ; Guohong Yuan^a ; Zhe Lin^d ; Yihui Wu^a ; Yan Zhang^a ; Xinhua Lin^a ; ^e ; ^f ; ^{xinhua.lin@ioz.ac.cn} ; ^{xinhua.lin@cchmc.org}

关键词：hESC ; human embryonic stem cell ; RNA-seq ; deep-transcriptome sequencing ; ChIP-seq ; chromatin immunoprecipitation and deep sequencing ; IPA ; Ingenuity Pathway Analysis ; DE ; definitive endoderm ; GO ; gene ontology ; RA ; Retinoic Acid ; Hh ; Hedgehog ; DAVID ; the Database for Annotation ; Visualization ; and Integrated Discovery ; 2D ; two-dimensional ; 3D ; three-dimensional ; DETs ; differentially expressed transcripts ; FW ; FGF4  ; +  ; Wnt3a ; FD ; FGF4  ; +  ; Dkk1 ; TSS ; transcription start site

刊名：Cellular Signalling

出版年：2017

作者：Miriam Rubio-Camarillo^a ; ¹ ; Hugo Ló ; pez-Ferná ; ndez^b ; ^c ; ¹ ; ^{hlfernandez@uvigo.es} ; Gonzalo Gó ; mez-Ló ; pez^a ; Á ; ngel Carro^a ; José ; Marí ; a Ferná ; ndez^d ; Coral Fustero Torre^a ; Florentino Fdez-Riverola^b ; ^c ; Daniel Glez-Peñ ; a^b ; ^c

关键词：NGS analysis ; Whole-genome ; Variant calling ; ChIPSeq ; Bisulfite-Seq ; CNV

刊名：Computer Methods and Programs in Biomedicine

出版年：2017

作者：Marija Kundakovic^a ; ¹ ; ² ; Yan Jiang^a ; ² ; David H. Kavanagh^a ; ^b ; Aslihan Dincer^a ; ^b ; Leanne Brown^a ; Venu Pothula^a ; Elizabeth Zharovsky^a ; Royce Park^a ; Rivka Jacobov^a ; Isabelle Magro^a ; Bibi Kassim^a ; Jennifer Wiseman^a ; Kristen Dang^c ; Solveig K. Sieberts^c ; Panos Roussos^a ; ^b ; Menachem Fromer^b ; Brent Harris^d ; ^e ; Barbara K. Lipska^e ; Mette A. Peters^c ; Pamela Sklar^a ; ^b ; ³ ; Schahram Akbarian^a ; ³ ; ^{Schahram.akbarian@mssm.edu}

关键词：Cell type specific ; ChIP-seq ; Epigenomics ; Postmortem human brain ; PsychENCODE ; Schizophrenia

刊名：Biological Psychiatry

出版年：2017

作者：Vahid Jalili ; ^{vahid.jalili@polimi.it}Author Vitae ; Matteo MatteucciAuthor Vitae ; Marco MasseroliAuthor Vitae ; Stefano CeriAuthor Vitae

关键词：Genomic computing ; Domain-specific data indexing ; Region-based operations and calculus ; Data integration

刊名：Information Sciences

出版年：2017

作者：Christopher Ralf Wils ; Kerstin Kaufmann ; ^{kerstin.kaufmann@uni-potsdam.de}

关键词：TF ; transcription factor ; MADS ; MCM1 ; AGAMOUS ; DEFICIENS ; SRF ; SEP ; SEPALLATA ; ChIP-seq ; chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing ; PcG ; Polycomb group ; H3K27me3 ; histone 3 lysine 27 tri-methylation ; PRC ; polycomb repressive complex ; trxG ; trithorax group ; SAND domain ; Sp100 ; AIRE-1 ; NucP41/75 ; DEAF-1 domain ; ULT ; ULTRAPETALA ; miRNA ; microRNA ; AP2 ; APETALA2 ; FLC ; FLOWERING LOCUS C ; SOC1 ; SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS1 ; FT ; FLOWERING LOCUS T ; FD ; FLOWERING LOCUS D ; IM

刊名：Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms

出版年：2017

作者：Frederike Leonie Harms¹ ; ²³ ; Katta M. Girisha² ; ²³ ; Andrew A. Hardigan³ ; ⁴ ; ²³ ; Fanny Kortü ; m¹ ; Anju Shukla² ; Malik Alawi⁵ ; ⁶ ; ⁷ ; Ashwin Dalal⁸ ; Lauren Brady⁹ ; Mark Tarnopolsky⁹ ; Lynne M. Bird¹⁰ ; ¹¹ ; Sophia Ceulemans¹¹ ; Martina Bebin¹² ; Kevin M. Bowling³ ; Susan M. Hiatt³ ; Edward J. Lose¹³ ; Michelle Primiano¹⁴ ; Wendy K. Chung¹⁴ ; Jane Juusola¹⁵ ; Zeynep C. Akdemir¹⁶ ; Matthew Bainbridge¹⁷ ; Wu-Lin Charng¹⁶ ; Margaret Drummond-Borg¹⁸ ; Mohammad K. Eldomery¹⁶ ; Ayman W. El-Hattab¹⁹ ; Mohammed A.M. Saleh²⁰ ; Sté ; phane Bé ; zieau²¹ ; Benjamin Cogné ; ²¹ ; Bertrand Isidor²¹ ; ²² ; Sé ; bastien Kü ; ry²¹ ; James R. Lupski¹⁶ ; Richard M. Myers³ ; Gregory M. Cooper³ ; ^{gcooper@hudsonalpha.org} ; Kerstin Kutsche¹ ; ^{kkutsche@uke.de}

关键词：EBF3 ; transcription factor ; intellectual disability ; developmental delay ; de novo mutation ; gene regulation

刊名：The American Journal of Human Genetics

出版年：2017

作者：Yuan-Hung Lo¹ ; Eunah Chung² ; ³ ; Zhaohui Li⁴ ; Ying-Wooi Wan⁴ ; Maxime M. Mahe⁵ ; Min-Shan Chen¹ ; Taeko K. Noah⁶ ; Kristin N. Bell⁷ ; Hari Krishna Yalamanchili⁴ ; Tiemo J. Klisch⁸ ; Zhandong Liu⁵ ; Joo-Seop Park² ; ³ ; ^{joo-seop.park@cchmc.org} ; Noah F. Shroyer¹ ; ⁹ ; ^{noah.shroyer@bcm.edu}

关键词：ATOH1 ; SPDEF ; Transcription ; Intestinal Epithelium ; Villin-creER ; TRE-Spdef ; Atoh1GFP ; Atoh1Flag

刊名：CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology

出版年：2017

作者：Nancy K Gillis ; PharmD^a ; ^b ; ^f ; Markus Ball ; PhD^c ; Qing Zhang ; MD^c ; Zhenjun Ma ; PhD^d ; YuLong Zhao ; PhD^c ; Sean J Yoder ; MS^e ; Maria E Balasis ; BS^c ; Tania E Mesa ; BS^e ; David A Sallman ; MD^c ; Prof Jeffrey E Lancet ; MD^c ; Prof Rami S Komrokji ; MD^c ; Prof Alan F List ; MD^c ; Prof Howard L McLeod ; PharmD^a ; ^b ; Prof Melissa Alsina ; MD^c ; Rachid Baz ; MD^c ; Kenneth H Shain ; MD^c ; Dana E Rollison ; PhD^a ; ^b ; Dr Eric Padron ; MD^c ; ^{Eric.Padron@moffitt.org}

刊名：The Lancet Oncology

出版年：2017