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1.Lineage-Specific Genome Architecture Links Enhancers and Non-coding Disease Variants to Target Gene Promoters

作者：Biola M. Javierre¹ ; ¹¹ ; Oliver S. Burren² ; ¹¹ ; Steven P. Wilder³ ; ¹¹ ; Roman Kreuzhuber³ ; ⁴ ; ⁵ ; ¹¹ ; Steven M. Hill⁶ ; ¹¹ ; Sven Sewitz¹ ; Jonathan Cairns¹ ; Steven W. Wingett¹ ; Csilla Vá ; rnai¹ ; Michiel J. Thiecke¹ ; Frances Burden⁴ ; ⁵ ; Samantha Farrow⁴ ; ⁵ ; Antony J. Cutler² ; Karola Rehnströ ; m⁴ ; ⁵ ; Kate Downes⁴ ; ⁵ ; Luigi Grassi⁴ ; ⁵ ; Myrto Kostadima³ ; ⁴ ; ⁵ ; Paula Freire-Pritchett¹ ; Fan Wang⁶ ; The BLUEPRINT Consortium Joost H. Martens ; Bowon Kim ; Nilofar Sharifi ; Eva M. Janssen-Megens ; Marie-Laure Yaspo ; Matthias Linser ; Alexander Kovacsovics ; Laura Clarke ; David Richardson ; Avik Datta ; Paul Flicek

关键词：gene regulation ; chromosome conformation ; promoter capture Hi-C ; non-coding genetic variation ; disease gene prioritization

刊名：Cell

出版年：2016

2.eFORGE: A Tool for Identifying Cell Type-Specific Signal in Epigenomic Data

作者：Charles E. Breeze¹ ; ²¹ ; ^{c.breeze@ucl.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Dirk S. Paul¹ ; Jenny van Dongen² ; Lee M. Butcher¹ ; ³ ; John C. Ambrose¹ ; James E. Barrett¹ ; Robert Lowe⁴ ; Vardhman K. Rakyan⁴ ; Valentina Iotchkova⁵ ; ⁶ ; Mattia Frontini⁷ ; ⁸ ; ⁹ ; Kate Downes⁷ ; ⁸ ; Willem H. Ouwehand⁶ ; ⁷ ; ⁸ ; ⁹ ; Jonathan Laperle¹⁰ ; Pierre-É ; tienne Jacques¹⁰ ; ¹¹ ; ¹² ; Guillaume Bourque¹³ ; ¹⁴ ; Anke K. Bergmann¹⁵ ; ¹⁶ ; Reiner Siebert¹⁵ ; ¹⁷ ; Edo Vellenga¹⁸ ; Sadia Saeed¹⁹ ; ²⁰ ; Filomena Matarese²⁰ ; Joost H.A. Martens²⁰ ; Hendrik G. Stunnenberg²⁰ ; Andrew E. Teschendorff¹ ; Javier Herrero¹ ; Ewan Birney⁵ ; Ian Dunham⁵ ; Stephan Beck¹ ; ^{s.beck@ucl.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：bioinformatics ; epigenetics ; epigenome-wide association study ; histone marks ; DNase I hypersensitive sites

刊名：Cell Reports

出版年：2016

3.The Allelic Landscape of Human Blood Cell Trait Variation and Links to Common Complex Disease

作者：William J. Astle¹ ; ² ; ³ ; ⁴ ; ³¹ ; Heather Elding⁵ ; ⁶ ; ³¹ ; Tao Jiang⁴ ; ³¹ ; Dave Allen⁷ ; Dace Ruklisa¹ ; ² ; ³ ; Alice L. Mann⁵ ; Daniel Mead⁵ ; Heleen Bouman⁵ ; Fernando Riveros-Mckay⁵ ; Myrto A. Kostadima¹ ; ² ; ⁸ ; John J. Lambourne¹ ; ² ; Suthesh Sivapalaratnam¹ ; ⁹ ; Kate Downes¹ ; ² ; Kousik Kundu¹ ; ⁵ ; Lorenzo Bomba⁵ ; Kim Berentsen¹⁰ ; John R. Bradley¹¹ ; ¹² ; Louise C. Daugherty¹ ; ² ; ¹³ ; Olivier Delaneau¹⁴ ; Kathleen Freson¹⁵ ; Stephen F. Garner¹ ; ² ; Luigi Grassi¹ ; ² ; Jose Guerrero¹ ; ² ; Matthias Haimel¹¹ ; ¹³ ; Eva M. Janssen-Megens¹⁰ ; Anita Kaan¹⁰ ; Mihir Kamat⁴ ; Bowon Kim¹⁰ ; Amit Mandoli¹⁰ ; Jonathan Marchini¹⁶ ; ¹⁷ ; Joost H.A. Martens¹⁰ ; Stuart Meacham¹ ; ² ; ¹³ ; Karyn Megy¹ ; ² ; ¹³ ; Jared O&rsquo ; Connell¹⁶ ; ¹⁷ ; Romina Petersen¹ ; ² ; Nilofar Sharifi¹⁰ ; Simon M. Sheard¹⁸ ; James R. Staley⁴ ; Salih Tuna¹ ; ¹³ ; Martijn van der Ent¹⁰ ; Klaudia Walter⁵ ; Shuang-Yin Wang¹⁰ ; Eleanor Wheeler⁵ ; Steven P. Wilder⁸ ; Valentina Iotchkova⁵ ; ⁸ ; Carmel Moore⁴ ; Jennifer Sambrook¹ ; ² ; ⁴ ; Hendrik G. Stunnenberg¹⁰ ; Emanuele Di Angelantonio⁴ ; ⁶ ; ¹⁹ ; Stephen Kaptoge⁴ ; ⁶

关键词：blood ; genetics ; hematology ; epigenetics ; hematopoiesis ; Mendelian randomization ; complex disease ; autoimmune diseases ; cardiovascular diseases

刊名：Cell

出版年：2016

4.53 - Breastfeeding Initiation Associated with Reduced Incidence of Diabetes in Manitoba

作者：Patricia J. Martens ; Leigh Anne Shafer ; Heather Dean ; Elizabeth Sellers ; Jennifer Yamamoto ; Sora Ludwig ; Maureen Heaman ; Wanda Phillips-Beck ; Heather Prior ; Magaret Morris ; Jonathan McGavock ; Allison Dart ; Garry Shen^*

刊名：Canadian Journal of Diabetes

出版年：2016

5.Prevalence of Group B Beta Hemolytic Streptococcus in Teenagers

作者：Rachael L. Polis ; DO ; Mark G. Martens ; MD ; Jacqueline E. Feinberg III ; MS ; Jonathan D. Baum ; MD ; Albert Rojtman ; PhD

刊名：Journal of Pediatric and Adolescent Gynecology

出版年：April, 2014

6.ProteoCloud: A full-featured open source proteomics cloud computing pipeline

作者：Thilo Muth ; Julian Peters ; Jonathan Blackburn ; Erdmann Rapp ; Lennart Martens

关键词：MS ; mass spectrometry ; MS/MS ; tandem mass spectrometry

刊名：Journal of Proteomics

出版年：2013

7.Pride-asap: Automatic fragment ion annotation of identified PRIDE spectra

作者：Niels Hulstaert ; Florian Reisinger ; Jonathan Rameseder ; Harald Barsnes ; Juan Antonio Vizca铆no ; Lennart Martens

关键词：API ; application programming interface ; asap ; Automatic Spectrum Annotation Pipeline ; GUI ; graphical user interface ; PRIDE ; PRoteomics IDEntifications (database) ; PSM ; peptide spectrum match ; PTM ; post-translational modification

刊名：Journal of Proteomics

出版年：16 December, 2013

8.Structure, energetics and vibrational spectra of protonated chlortetracycline in the gas phase: An experimental and computational investigation

作者：Blake E. Ziegler ; Rick A. Marta ; Sabrina M. Martens ; Jonathan K. Martens ; Terry B. McMahon ; ^{mcmahon@uwaterloo.ca}

关键词：Tetracylcine ; IRMPD ; Gaseous ion structure ; Gaseous ion thermochemistry ; Electronic structure calculations

刊名：International Journal of Mass Spectrometry

出版年：2012

9.Mutational Processes Molding the Genomes of 21 Breast Cancers

作者：Serena Nik-Zainal¹ ; Ludmil ; B. Alexandrov¹ ; David ; C. Wedge¹ ; Peter Van ; Loo¹ ; ² ; ³ ; Christopher ; D. Greenman¹ ; ⁴ ; ⁵ ; Keiran Raine¹ ; David Jones¹ ; Jonathan Hinton¹ ; John Marshall¹ ; Lucy ; A. Stebbings¹ ; Andrew Menzies¹ ; Sancha Martin¹ ; Kenric Leung¹ ; Lina Chen¹ ; Catherine Leroy¹ ; Manasa Ramakrishna¹ ; Richard Rance¹ ; King ; Wai Lau¹ ; Laura ; J. Mudie¹ ; Ignacio Varela¹ ; David ; J. McBride¹ ; Graham ; R. Bignell¹ ; Susanna ; L. Cooke¹ ; Adam Shlien¹ ; John Gamble¹ ; Ian Whitmore¹ ; Mark Maddison¹ ; Patrick ; S. Tarpey¹ ; Helen ; R. Davies¹ ; Elli Papaemmanuil¹ ; Philip ; J. Stephens¹ ; Stuart McLaren¹ ; Adam ; P. Butler¹ ; Jon ; W. Teague¹ ; Gö ; ran Jö ; nsson¹³ ; Judy ; E. Garber⁷ ; Daniel Silver⁷ ; Penelope Miron⁷ ; Aquila Fatima⁷ ; Sandrine Boyault⁸ ; Anita Langerø ; d⁹ ; Andrew Tutt¹⁰ ; John ; W.M. Martens¹¹ ; Samuel ; A.J.R. Aparicio⁶ ; ¹² ; Å ; ke Borg¹³ ; Anne ; Vincent Salomon¹⁴ ; Gilles Thomas⁸ ; Anne-Lise Bø ; rresen-Dale⁹ ; ¹⁵ ; Andrea ; L. Richardson⁷ ; ¹⁶ ; Michael ; S. Neuberger¹⁷ ; P. ; Andrew Futreal¹ ; Peter ; J. Campbell¹ ; ¹⁸ ; ¹⁹ ; Michael ; R. Stratton¹ ; ^{mrs@sanger.ac.uk} ; the Breast Cancer Working Group of the International Cancer Genome Consortium

刊名：Cell

出版年：2012

10.The sodium cation-bound dimer of theophylline: IRMPD spectroscopy of a highly symmetric electrostatically bound species

作者：Richard A. Marta ; Ronghu Wu ; Kris R. Eldridge ; Jonathan K. Martens ; Terry B. McMahon

关键词：Infrared multiphoton dissociation ; Sodium cation-bound adducts ; Gaseous ion energetics and structure

刊名：International Journal of Mass Spectrometry

出版年：2010

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