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1.Insights into specificity, redundancy and new cellular functions of C/EBPa and C/EBPb transcription factors through interactome network analysis

作者：Maurizio Cirilli^a ; ¹ ; Oxana Bereshchenko^b ; ^c ; ¹ ; Olga Ermakova^b ; ^{olga.ermakova@cnr.it} ; Claus Nerlov^b ; ^d ; ^{claus.nerlov@imm.ox.ac.uk}

关键词：CCAAT/enhancer binding proteins C/EBPa and C/EBPb ; Large scale protein-protein interactions ; Network functional analysis ; DNA repair protein complexes ; RNA metabolism ; Adipogenesis

刊名：Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

出版年：2017

2.A fast platform for simulating semi-flexible fiber suspensions applied to cell mechanics

作者：Ehssan Nazockdast^a ; ^b ; ^{ehssan@cims.nyu.edu} ; Abtin Rahimian^a ; ^{arahimian@acm.org} ; Denis Zorin^a ; ^{dzorin@cs.nyu.edu} ; Michael Shelley^a ; ^b ; ^{shelley@cims.nyu.edu}

关键词：Fluid&ndash ; structure interactions ; Semi-flexible fibers ; Fiber suspensions ; Boundary integral methods ; Slender-body theory ; Cytoskeleton ; Mitotic spindle ; Motor protein

刊名：Journal of Computational Physics

出版年：2017

3.Building Bigger: Modeling Large-Scale Protein Interactions in Amyloidosis

作者：Michael Bergman

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

4.Contributions of Sequence to the Higher-Order Structures of DNA

作者：Stefjord Todolli² ; Pamela J. Perez² ; Nicolas Clauvelin² ; Wilma K. Olson¹ ; ² ; ^{wilma.olson@rutgers.edu}

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

5.Protein-protein interaction and molecular dynamics analysis for identification of novel inhibitors in Burkholderia cepacia GG4

作者：Money Gupta^a ; ¹ ; Rashi Chauhan^a ; Yamuna Prasad^b ; Gulshan Wadhwa^c ; Chakresh Kumar Jain^a ; ¹ ; ^{ckj522@yahoo.com}

关键词：B. cepacia GG4 ; Burkholderia cepacia GG4 ; PPI ; protein&ndash ; protein interaction ; MDR ; multiple drugs resistance ; NadE ; NH (3)-dependent NAD synthetase

刊名：Computational Biology and Chemistry

出版年：2016

6.Multiscale simulations of protein-facilitated membrane remodeling

作者：Aram Davtyan^a ; Mijo Simunovic^a ; ^b ; Gregory A. Voth^a ; ^{gavoth@uchicago.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Membrane remodeling ; BAR proteins ; Coarse-grained simulations ; Mesoscale simulations ; Molecular dynamics

刊名：Journal of Structural Biology

出版年：2016

7.Molecular dynamics simulations of membrane proteins and their interactions: from nanoscale to mesoscale

作者：Matthieu Chavent¹ ; Anna L Duncan¹ ; Mark SP Sansom ^{mark.sansom@bioch.ox.ac.uk}

刊名：Current Opinion in Structural Biology

出版年：2016

8.ProteinInferencer: Confident protein identification and multiple experiment comparison for large scale proteomics projects

关键词：Proteomics ; Mass spectrometry ; Database search ; Protein inference ; False discovery rate (FDR) ; Peptide-spectrum match (PSM)

刊名：Journal of Proteomics

出版年：2015

9.The biochemical and mass spectrometric profiling of the dystrophin complexome from skeletal muscle

作者：Sandra Murphy ; Kay Ohlendieck ; ^{kay.ohlendieck@nuim.ie}

关键词：Complexome profiling ; Cytoskeleton ; Dystrophin-glycoprotein complex ; Dystrophinopathy ; Extracellular matrix

刊名：Computational and Structural Biotechnology Journal

出版年：2016

10.Modular peptides from the thermoplastic squid sucker ring teeth form amyloid-like cross-β supramolecular networks

作者：Shu Hui Hiew^a ; ^b ; Paul A. Guerette^a ; ^b ; ^c ; Ondrej J. Zvarec^a ; ^b ; Margaret Phillips^d ; Feng Zhou^a ; Haibin Su^a ; Konstantin Pervushin^d ; Brendan P. Orner^e ; Ali Miserez^a ; ^b ; ^{ali.miserez@ntu.edu.sg" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Self-assembly ; Peptide biomaterials ; Beta-sheet ; Suckerins ; Amyloid

刊名：Acta Biomaterialia

出版年：2016

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