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1.HCV1b genome evolution under selective pressure of the cyclophilin inhibitor alisporivir during the DEB-025-HCV-203 phase II clinical trial

作者：Lize Cuypers^a ; ¹ ; ^{lize.cuypers@kuleuven.be" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Joke Snoeck^a ; ¹ ; ² ; ^{joke.snoeck@nds.ox.ac.uk" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Lien Kerremans^a ; ³ ; ^{lienkerremans@hotmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Pieter Libin^b ; ^a ; ^{pieter.libin@vub.ac.be" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Raf Crabbé ; ^c ; ^{rcrabbe@debiopharm.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Sonia Van Dooren^a ; ⁴ ; ^{sonia.vandooren@uzbrussel.be" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Gré ; goire Vuagniaux^c ; ^{gregoire.vuagniaux@debiopharm.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Anne-Mieke Vandamme^a ; ^d ; ^{annemie.vandamme@uzleuven.be" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：BL ; baseline ; BLQ ; below limit of quantification ; BN ; Bayesian network ; (c)DNA ; (copy) deoxyribonucleic acid ; CsA ; cyclosporine A ; DAA ; direct-acting antiviral ; dN ; non-synonymous nucleotide change ; dS ; synonymous nucleotide change ; EC50 ; half maximal effective concentration ; EDTA ; ethylenediaminetetraacetic acid ; GT ; genotype ; GTR ; generalized time reversible ; HCV ; hepatitis C virus ; HIV ; human immunodeficiency virus ; HTA ; host-targeting antiviral ; HVR1 ; hypervariable region-1 ; ID ; identificati

刊名：Infection, Genetics and Evolution

出版年：2016

2.Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools

作者：Andrea-Clemencia Pineda-Pe?a ; Nuno Rodrigues Faria ; Stijn Imbrechts ; Pieter Libin ; Ana Barroso Abecasis ; Koen Deforche ; Arley G¨®mez-L¨®pez ; Ricardo J. Camacho ; Tulio de Oliveira ; Anne-Mieke V ; amme

关键词：CRFs ; Circulating Recombinant Forms ; LANL ; Los Alamos dataset ; MPhy ; manual phylogenetic analysis ; nts ; nucleotides ; PR ; Protease ; REGAv2 ; REGA HIV subtyping tool version 2 ; REGAv3 ; REGA HIV subtyping tool version 3 ; RT ; Reverse transcriptase ; URFs ; Uniqu

刊名：Infection, Genetics and Evolution

出版年：2013

3.HIV-1 fitness landscape models for indinavir treatment pressure using observed evolution in longitudinal sequence data are predictive for treatment failure

作者：Raphael Z. Sangeda ; Kristof Theys ; Gertjan Beheydt ; Soo-Yon Rhee ; Koen Deforche ; Jurgen Vercauteren ; Pieter Libin ; Stijn Imbrechts ; Zehava Grossman ; Ricardo J. Camacho ; Kristel Van Laethem ; Alej ; ro Pironti ; Maurizio Zazzi ; Anders S?nnerborg ; Francesca Incardona ; Andrea De Luca ; Carlo Torti ; Lidia Ruiz ; David A.M.C. Van de Vijver ; Robert W. Shafer ; et al.

关键词：HIV-1 drug resistance ; Antiretrovirals ; Treatment response ; Evolution ; Bioinformatics

刊名：Infection, Genetics and Evolution

出版年：2013

4.Comparative performance of the REGA subtyping tool version 2 versus version 1

作者：Ana B. Abecasis ; Yunpeng Wang ; Pieter Libin ; Stijn Imbrechts ; Tulio de Oliveira ; Ricardo J. Camacho ; Anne-Mieke V ; amme

关键词：HIV-1 ; Subtyping

刊名：Infection, Genetics and Evolution

出版年：2010

5.The rise and fall of K65R in a Portuguese HIV-1 Drug Resistance database, despite continuously increasing use of tenofovir

作者：Kristof Theys ; Jurgen Vercauteren ; Ana B. Abecasis ; Pieter Libin ; Koen Deforche ; Anne-Mieke V ; amme ; Ricardo Camacho

关键词：HIV ; K65R ; Antiviral resistance ; Incidence ; Guidelines ; Tenofovir

刊名：Infection, Genetics and Evolution

出版年：2009

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