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1. GAAP: Genome-organization-framework-Assisted Assembly Pipeline for prokaryotic genomes

作者： Lina Yuan ; Yang Yu ; Yanmin Zhu ; Yulai Li ; Changqing Li ; Rujiao Li ; Qin Ma…

关键词：Core ; gene ; defined Genome Organizational Framework (cGOF) ; Scaffolding ; Rearrangement ; Prokaryotic genome

刊名：BMC Genomics

出版年：2017

2. Unsupervised statistical discovery of spaced motifs in prokaryotic genomes

作者： Hao Tong ; Paul Schliekelman ; Jan Mrázek

关键词：Genome ; Sequence motifs ; Motif ; finding ; Bacteria ; Archaea ; DNA sequence repeats

刊名：BMC Genomics

出版年：2017

3. An integrative and applicable phylogenetic footprinting framework for cis-regulatory motifs identification in prokaryotic genomes

作者： Bingqiang Liu ; Hanyuan Zhang ; Chuan Zhou ; Guojun Li ; Anne Fennell…

关键词：Cis ; regulatory motif ; Phylogenetic footprinting ; Prokaryotic genomes ; Comparative genomics

刊名：BMC Genomics

出版年：2016

4. PEPR: pipelines for evaluating prokaryotic references

作者： Nathan D. Olson ; Justin M. Zook…

关键词：Microbiology ; Whole genome sequencing ; Bioinformatics

刊名：Analytical and Bioanalytical Chemistry

出版年：2016

5. UpCoT: an integrated pipeline tool for clustering upstream DNA sequences of orthologous genes in prokaryotic genomes

作者： P. V. Parvati Sai Arun ; Jogadhenu S. S. Prakash

关键词：Clustering ; Upstreams ; Orthologs ; Motif ; Transcriptional units

刊名：3 Biotech

出版年：2016

6. A hybrid strategy for comprehensive annotation of the protein coding genes in prokaryotic genome

作者：Jia-Feng Yu (1) (2) (3)
Jing Guo (4)
Qing-Bin Liu (1) (5)
Yue Hou (2)
Ke Xiao (2)
Qing-Li Chen (1) (5)
Ji-Hua Wang (1) (3)
Xiao Sun (2)

1. Shandong Provincial Key Laboratory of Functional Macromolecular Biophysics ; Institute of Biophysics ; Dezhou University ; Dezhou ; 253023 ; People鈥檚 Republic of China
2. State Key Laboratory of Bioelectronics ; Southeast University ; Nanjing ; 210096 ; People鈥檚 Republic of China
3. College of Physics and Electronic Information ; Dezhou University ; Dezhou ; 253023 ; People鈥檚 Republic of China
4. School of Computer Engineering ; Nanyang Technological University ; Singapore ; 639798 ; Singapore
5. College of Life Science ; Shandong Normal University ; Jinan ; 250014 ; People鈥檚 Republic of China

关键词：Protein coding genes ; Re ; annotation ; Prokaryotic genome

刊名：Genes & Genomics

出版年：2015

7. Genetic instability of Japanese encephalitis virus cDNA clones propagated in Escherichia coli

作者： Xuchen Zheng ; Wu Tong ; Fei Liu ; Chao Liang ; Fei Gao ; Guoxin Li…

关键词：Japanese encephalitis virus ; Genetic instability ; Prokaryotic promoter

刊名：Virus Genes

出版年：2016

8. Identification of common, unique and polymorphic microsatellites among 73 cyanobacterial genomes

作者： Ritika Kabra ; Aditi Kapil…

关键词：Cyanobacteria ; Data mining ; Database ; Microsatellites ; Simple sequence repeats

刊名：World Journal of Microbiology & Biotechnology

出版年：2016

9. Expression of the chloroplast genome: Modern concepts and experimental approaches

作者： M. G. Siniauskaya ; N. G. Danilenko…

刊名：Russian Journal of Genetics: Applied Research

出版年：2016

10. Combinatorial metabolic pathway assembly in the yeast genome with RNA-guided Cas9

作者： Steve F. EauClaire ; Jianzhong Zhang…

刊名：Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

出版年：2016

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