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1.Quantification of telomere features in tumor tissue sections by an automated 3D imaging-based workflow

作者：Manuel Gunkel^a ; ¹ ; Inn Chung^b ; ¹ ; ^{i.chung@dkfz.de} ; Stefan Wö ; rz^c ; ¹ ; Katharina I. Deeg^b ; Ronald Simon^d ; Guido Sauter^d ; David T.W. Jones^e ; Andrey Korshunov^f ; Karl Rohr^c ; ^{k.rohr@dkfz.de} ; Holger Erfle^a ; ^{holger.erfle@bioquant.uni-heidelberg.de} ; Karsten Rippe^b ; ^{karsten.rippe@dkfz.de}

关键词：3D-TIM ; 3D Targeted Imaging ; ALT ; alternative lengthening of telomeres ; APB ; ALT-associated PML-NB ; CLSM ; confocal laser scanning fluorescence microscopy ; ECTR ; extrachromosomal telomeric repeat ; FFPE ; formalin-fixed ; paraffin-embedded ; FISH ; fluorescence in situ hybridization ; IF ; immunofluorescence ; pedGBM ; pediatric glioblastoma ; PML ; promyelocytic leukemia ; PML-NB ; PML nuclear body ; PNA ; peptide nucleic acid ; ROI ; region of interest ; TMA ; tissue microarray ; TMM ; telomere maintenance mechanis

刊名：Methods

出版年：2017

2.Deamination Effects in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissue Samples in the Era of Precision Medicine

作者：Seokhwi Kim^&lowast ; ; Charny Park^&lowast ; ; ^&dagger ; ; Yongick Ji^&Dagger ; ; Deok G. Kim^&Dagger ; ; Hyunsik Bae^&lowast ; ; Michael van Vrancken^§ ; ; Duk-Hwan Kim^&Dagger ; ; ^¶ ; ; Kyoung-Mee Kim^&lowast ; ; ^{kkmkys@skku.edu}

刊名：The Journal of Molecular Diagnostics

出版年：2017

3.Identification of bacterial pathogens from formalin-fixed, paraffin-embedded tissues by using 16S sequencing: retrospective correlation of results to clinicians' responses

作者：Lori D. Racsa ; DO^a ; ¹ ; ^{Ldracsa@gmail.com} ; Marlene DeLeon-Carnes ; BS^b ; ^mld7@cdc.gov ; Matthew Hiskey ; MD^a ; ^{matthew.hiskey@emory.edu} ; Jeannette Guarner ; MD^a ; ^{jguarne@emory.edu}

关键词：16S ; Bacterial sequencing ; Paraffin samples ; Bacteria ; Infection

刊名：Human Pathology

出版年：2017

4.Reproducibility of SOX-11 detection in decalcified bone marrow tissue in mantle cell lymphoma patients

作者：Simona Righi ; MS^a ; ^{simona.righi5@unibo.it} ; Stefano Pileri ; MD ; PhD^b ; ^{stefano.pileri@unibo.it} ; Claudio Agostinelli ; MD ; PhD^a ; ^{claudio.agostinelli@unibo.it} ; ^{claudioagostinelli@gmail.com} ; Francesco Bacci ; MD^a ; ^{francesco.bacci@aosp.bo.it} ; Sebastiano Spagnolo ; MLD^a ; ^{sebyspagnolo@yahoo.it} ; Elena Sabattini ; MD^a ; ^{elena.sabattini@aosp.bo.it}

关键词：SOX11 ; Mantle cell ; Lymphoma ; Immunohistochemistry ; B5 ; Formalin

刊名：Human Pathology

出版年：2017

5.Validation of a Gene Expression Test for Mesothelioma Prognosis in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues

作者：Assunta De Rienzo^&lowast ; ; Robert W. Cook^&dagger ; ; Jeff Wilkinson^&Dagger ; ; Corinne E. Gustafson^&lowast ; ; Waqas Amin^§ ; ; ^¶ ; ; Clare E. Johnson^&dagger ; ; Kristen M. Oelschlager^&dagger ; ; Derek J. Maetzold^&dagger ; ; John F. Stone^&Dagger ; ; Michael D. Feldman^§ ; ; ^‖ ; Michael J. Becich^§ ; ; ^‖ ; Beow Y. Yeap^&lowast ; &lowast ; ; William G. Richards^&lowast ; ; Raphael Bueno^&lowast ; ; ^{rbueno@partners.org}

刊名：The Journal of Molecular Diagnostics

出版年：2017

6.Utility of the Roche Cobas 4800 for detection of high-risk human papillomavirus in formalin-fixed paraffin-embedded oropharyngeal squamous cell carcinoma

作者：Jason R. Pettus ; Terri L. Wilson ; Heather B. Steinmetz ; Joel A. Lefferts ; Laura J. Tafe ; ^{Laura.J.Tafe@Hitchcock.org}

关键词：Head and neck cancer ; Oropharyngeal carcinoma ; HPV ; p16

刊名：Experimental and Molecular Pathology

出版年：2017

7.Proteomic investigation of human cystic echinococcosis in the liver

作者：Ré ; mi Longuespé ; e^a ; ^b ; ^{remi.longuespee@med.uni-heidelberg.de} ; Rita Casadonte^a ; Mark Kriegsmann^b ; Petra Wandernoth^c ; Katharina Lisenko^d ; Gabriel Mazzucchelli^e ; Michael Becker^f ; Jö ; rg Kriegsmann^a ; ^c ; ^g

关键词：ACN ; Acetronitrile ; CA ; Citric acid ; CE ; Cystic echinococcosis ; Eg ; Echinococcus granulosus ; ECM ; Extra cellular matrix ; FFPE ; Formalin fixed paraffin embedded ; fr/fr ; Fresh/frozen ; GO ; Gene ontology ; HIAR ; Heat-induced antigen retrieval ; HIV ; Human immunodeficiency virus ; HLA ; Human leucocyte antigen ; IMS ; Imaging mass spectrometry ; LMD ; Laser microdissection ; LC&ndash ; MS/MS ; Liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry ; MALDI ; Matrix-assisted laser desorption-ionization ; PAS ; Peri

刊名：Molecular and Biochemical Parasitology

出版年：2017

8.KIAA1199/CEMIP/HYBID overexpression predicts poor prognosis in pancreatic ductal adenocarcinoma

作者：Atsuhiro Koga^a ; Norihiro Sato^a ; ^{norisato@med.uoeh-u.ac.jp} ; Shiro Kohi^a ; Kei Yabuki^a ; ^b ; Xiao-Bo Cheng^a ; Masanori Hisaoka^b ; Keiji Hirata^a

关键词：Pancreatic ductal adenocarcinoma ; Hyaluronan ; KIAA1199 ; Prognosis ; Migration

刊名：Pancreatology

出版年：2017

9.Immune-checkpoint status in penile squamous cell carcinoma: a North American cohort

作者：Margaret Cocks ; MD ; PhD^a ; Diana Taheri ; MD^a ; ^b ; Mark W. Ball ; MD^a ; Stephania M. Bezerra ; MD^a ; Maria Del Carmen Rodriguez ; MD^a ; Bernardo F.P. Ricardo ; MD^a ; Trinity J. Bivalacqua ; MD ; PhD^a ; Rajni B. Sharma ; MSc ; PhD^a ; Alan Meeker ; PhD^a ; Alcides Chaux ; MD^c ; Arthur L. Burnett ; MD ; MBA^a ; George J. Netto ; MD^a ; ^{Gnetto@uabmc.edu}

关键词：PD-L1 ; FOXP3 ; CD8 ; Penile cancer ; Squamous cell carcinoma ; Immune checkpoint

刊名：Human Pathology

出版年：2017

10.Characterization of glomerular extracellular matrix by proteomic analysis of laser-captured microdissected glomeruli

作者：Liliane Hobeika¹ ; Michelle T. Barati¹ ; Dawn J. Caster¹ ; ² ; Kenneth R. McLeish¹ ; ² ; ³ ; Michael L. Merchant¹ ; ³ ; ^{mlmerc02@exchange.louisville.edu}

关键词：extracellular matrix ; glomeruli ; human ; laser capture microdissection ; mass spectrometry

刊名：Kidney International

出版年：2017

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