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Elsevier电子期刊(473)

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1.Redox induced protonation of heme propionates in cytochrome c oxidase: Insights from surface enhanced resonance Raman spectroscopy and QM/MM calculations

作者：Murat Sezer^a ; Anna-Lena Woelke^b ; Ernst Walter Knapp^b ; Ramona Schlesinger^c ; Maria Andrea Mroginski^a ; ; Inez M. Weidinger^a ;

关键词：Cytochrome c oxidase ; Proton pumping ; Proton loading site ; Surface enhanced Raman spectroscopy ; QM/MM calculations

刊名：Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

出版年：2017

2.Interaction and bioconjugation of CdSe/ZnS core/shell quantum dots with maltose-binding protein

作者：R. Kathiresan ; S. Gopalakrishnan ; P. Kolandaivel ; ^{ponkvel@hotmail.com}

关键词：CdSe/ZnS core/shell QDs ; Maltose-binding protein (MBP) ; QM/MM ; Absorption and emission spectra

刊名：Computational and Theoretical Chemistry

出版年：2017

3.pH-dependent absorption spectra of rhodopsin mutant E113Q: On the role of counterions and protein

作者：Peng Xie^a ; Panwang Zhou^a ; Ahmed Alsaedi^b ; Yan Zhang^a ; ^{zhangyanhg@dicp.ac.cn}

关键词：Spectra tuning ; QM/MM ; E113Q rhodopsin ; Hydrogen-bond ; Anion biosensor

刊名：Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy

出版年：2017

4.Electronic and structural properties of Cob(I)alamin: Ramifications for B₁₂-dependent processes

作者：Manoj Kumar^a ; ^b ; Pawel M. Kozlowski^a ; ^c ; ^{pawel@louisville.edu}

关键词：CNCbl ; cyanocobalamin ; AdoCbl ; adenosylcobalamin ; MeCbl ; methylcobalamin ; CoIIICbl ; cob(III)alamin ; CoIICbl ; cob(II)alamin ; CoICbl ; cob(I)alamin ; MetH ; methionine synthase ; CoFeSP ; corrinoid/Fe-S protein ; MtaBC ; methanol-cobalamin methyltransferase ; Im ; imidazole ; DFT ; density functional theory ; QM/MM ; quantum mechanics/molecular mechanics ; CASSCF ; complete active space self-consistent field ; CASPT2 ; complete active space perturbation theory ; ONIOM ; our own n-layered integrated molecular orbital

刊名：Coordination Chemistry Reviews

出版年：2017

5.Hidden symmetries of DNA molecule

作者：Alexander A. Tulub^a ; ^b ; ^{atulub@yahoo.co.uk} ; Vassily E. Stefanov^b

关键词：DNA molecule ; Genetic code ; Nucleotide triplets ; Hidden symmetries ; Spin physics ; QM/MM computations

刊名：Journal of Theoretical Biology

出版年：2017

6.Making Classical and Hybrid (QM/MM) Molecular Dynamics Easy and Fast with QwikMD

作者：Joã ; o V. Ribeiro¹ ; Rafael C. Bernardi¹ ; Till Rudack¹ ; Klaus Schulten¹ ; ²

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

7.Elucidation of Single Hydrogen Bonds in GTPases via Experimental and Theoretical Infrared Spectroscopy

作者：Daniel Mann¹ ; Udo Hö ; weler² ; Carsten Kö ; tting¹ ; ^{carsten.koetting@rub.de} ; Klaus Gerwert¹ ; ³ ; ^{gerwert@bph.rub.de}

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

8.Docking, QM/MM, and molecular dynamics simulations of the hexose transporter from Plasmodium falciparum (PfHT)

作者：Amanda Luisa da Fonseca^a ; ^b ; ^c ; ; Renata Rachide Nunes^c ; Vanildo Martins Lima Braga^c ; Moacyr Comar Jr^b ; Ricardo José ; Alves^d ; Fernando de Pilla Varotti^a ; Alex Gutterres Taranto^c ; ^{labqf_ufsj@ufsj.edu.br" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Comparative homology modeling ; Computer aided drug-design (CADD) ; Glucose transport ; Malaria ; PfHT ; QM/MM

刊名：Journal of Molecular Graphics and Modelling

出版年：2016

9.Discerning the catalytic mechanism of Staphylococcus aureus sortase A with QM/MM free energy calculations

作者：Pooja Shrestha ; Jeff Wereszczynski ; ^{jwereszc@iit.edu" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Sortases ; QM/MM ; Free energy

刊名：Journal of Molecular Graphics and Modelling

出版年：2016

10.QM/MM investigation of the reaction rates of substrates of 2,3-dimethylmalate lyase: A catabolic protein isolated from Aspergillus niger

作者：Warot Chotpatiwetchkul^a ; Nathjanan Jongkon^b ; Supa Hannongbua^a ; M. Paul Gleeson^a ; ^{paul.gleeson@ku.ac.th" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：DMML ; QM/MM ; Molecular dynamics (MD) ; Aspergillus niger

刊名：Journal of Molecular Graphics and Modelling

出版年：2016

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