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1.A novel method for calculating relative free energy of similar molecules in two environments

作者：Asaf Farhi^a ; ^{asaffarhi@post.tau.ac.il} ; Bipin Singh^b

关键词：Free energy ; Decoupling partition functions ; Monotonicity of free energy derivative ; Replica exchange ; Molecular dynamics

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2017

2.Alchemical determination of drug-receptor binding free energy: Where we stand and where we could move to

作者：Piero Procacci ^{procacci@unifi.it}

关键词：Binding free energy ; Alchemical simulations ; Solute tempering ; Hamiltonian Replica Exchange ; Jarzynski theorem ; Crooks theorem ; Drug-receptor ; Molecular dynamics ; Nonequilibrium process

刊名：Journal of Molecular Graphics and Modelling

出版年：2017

3.Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB semiempirical quantum chemistry package

作者：Shingo Ito^a ; Stephan Irle^b ; ^c ; ^d ; Yuko Okamoto^a ; ^d ; ^e ; ^f ; ^g ; ^{okamoto@phys.nagoya-u.ac.jp" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Replica-exchange molecular dynamics ; Multidimensional replica-exchange method ; Umbrella sampling ; Replica-exchange umbrella sampling ; Density functional tight binding ; DFTB++ ; Malonaldehyde ; Phthalocyanine

刊名：Computer Physics Communications

出版年：2016

4.Optimal Temperature Set for Replica Exchange Sampling

作者：Dominik Gront

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

5.Simulating the Melting of the Salmonella 4-U RNA Thermometer Using Replica Exchange Molecular Dynamics to Assess Force-Field Accuracy

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

6.Investigating MUC1 Transmembrane Dimer Structure using Replica Exchange Molecular Dynamics

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

7.The gallium isotopic composition of the bulk silicate Earth

作者：Chizu Kato^a ; ^kato@ipgp.fr ; Fré ; dé ; ric Moynier^a ; ^b ; Julien Foriel^c ; Fang-Zhen Teng^d ; Igor S. Puchtel^e

关键词：Gallium ; Bulk Silicate Earth ; Basalt ; OIB ; MORB ; Komatiite ; MC-ICP-MS

刊名：Chemical Geology

出版年：2017

8.Numerical prediction of flow and heat transfer characteristics of water-fly ash slurry in a 180° return pipe bend

作者：Bibhuti Bhusan Nayak^a ; Dipankar Chatterjee^b ; ^{d_chatterjee@cmeri.res.in} ; Amar Nath Mullick^a

关键词：Liquid-solid slurry flow ; Heat transfer coefficient ; Numerical simulation ; Eulerian model ; 180° ; curved pipes ; Pressure drop

刊名：International Journal of Thermal Sciences

出版年：2017

9.Conformation study of ɛ-cyclodextrin: Replica exchange molecular dynamics simulations

作者：Wasinee Khuntawee^a ; ^{w.khutawee@gmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Thanyada Rungrotmongkol^b ; ^c ; ^{t.rungrotmongkol@gmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Peter Wolschann^d ; ^e ; ^{karl.peter.wolschann@univie.ac.at" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Piamsook Pongsawasdi^c ; ^{piamsook.p@chula.ac.th" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Nawee Kungwan^f ; ^{naweekung@gmail.com" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Hisashi Okumura^g ; ^h ; ^{hokumura@ims.ac.jp" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Supot Hannongbuaⁱ ; ^{supot.h@chula.ac.th" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author}

关键词：Large-ring cyclodextrin ; ɛ-Cyclodextrin ; Replica exchange molecular dynamics ; Conformational changes

刊名：Carbohydrate Polymers

出版年：2016

10.Histone Acetylation Regulates Chromatin Accessibility: Role of H4K16 in Inter-nucleosome Interaction

作者：Ruihan Zhang¹ ; Jochen Erler¹ ; Jö ; rg Langowski¹ ; ^jl@dkfz.de

刊名：Biophysical Journal

出版年：2017

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