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1.Inference of Environmental Factor-Microbe and Microbe-Microbe Associations from Metagenomic Data Using a Hierarchical Bayesian Statistical Model

作者：Yuqing Yang¹ ; ² ; Ning Chen¹ ; ^{ningchen@tsinghua.edu.cn} ; Ting Chen¹ ; ² ; ³ ; ⁴ ; ^{tingchen@tsinghua.edu.cn}

关键词：metagenomics ; environmental factor-microbe associations ; OTU-OTU associations ; microbe-microbe associations ; hierarchical Bayesian statistical model ; Lognormal-Dirichlet-Multinomial model ; compositional bias ; 16S rRNA sequencing

刊名：Cell Systems

出版年：2017

2.Metagenomic assembly unravel microbial response to redox fluctuation in acid sulfate soil

作者：Jian-Qiang Su^a ; ¹ ; Yu Xia^c ; ¹ ; Huai-Ying Yao^a ; ^d ; ¹ ; Ya-Ying Li^a ; ^d ; Xin-Li An^a ; Brajesh K. Singh^e ; ^f ; Tong Zhang^c ; ^{zhangt@hku.hk} ; Yong-Guan Zhu^a ; ^b ; ^{ygzhu@iue.ac.cn}

关键词：Acid sulfate soil ; Microbial community ; Metagenomic ; Redox fluctuation ; Sulfur cycling gene

刊名：Soil Biology and Biochemistry

出版年：2017

3.Metagenomic reconstruction of nitrogen cycling pathways in a CO₂-enriched grassland ecosystem

作者：Qichao Tu^a ; ^b ; Zhili He^b ; Liyou Wu^b ; Kai Xue^b ; Gary Xie^c ; Patrick Chain^c ; Peter B. Reich^d ; ^e ; Sarah E. Hobbie^f ; Jizhong Zhou^b ; ^g ; ^h ; ^jzhou@ou.edu

关键词：Nitrogen cycling ; Metagenomic reconstruction ; Shotgun metagenome sequencing ; Elevated CO2 ; Grassland

刊名：Soil Biology and Biochemistry

出版年：2017

4.Process performance and comparative metagenomic analysis during co-digestion of manure and lignocellulosic biomass for biogas production

作者：P. Tsapekos^a ; P.G. Kougias^a ; ^{panak@env.dtu.dk} ; L. Treu^a ; ^b ; S. Campanaro^c ; I. Angelidaki^a

关键词：Anaerobic digestion ; Ensiled meadow grass ; Pig manure ; Microbial community ; Metagenomics ; Shotgun sequencing

刊名：Applied Energy

出版年：2017

5.Metagenomics reveals flavour metabolic network of cereal vinegar microbiota

作者：Lin-Huan Wu^a ; ^b ; ¹ ; Zhen-Ming Lu^a ; ¹ ; Xiao-Juan Zhang^a ; Zong-Min Wang^a ; Yong-Jian Yu^d ; Jin-Song Shi^a ; ^c ; Zheng-Hong Xu^a ; ^c ; ^{zhenghxu@jiangnan.edu.cn}

关键词：Cereal vinegar ; Flavour ; Metabolic pathway ; Metagenomics ; Microbiota

刊名：Food Microbiology

出版年：2017

6.Metagenomic insight into the bioaugmentation mechanism of Phanerochaete chrysosporium in an activated sludge system treating coking wastewater

作者：Wang Hailei^a ; ^b ; ^{whl@htu.cn" class="auth_mail" title="E-mail the corresponding author} ; Li Ping^a ; Wang Ying^a ; Liu Lei^a ; Yao Jianming^b

关键词：Phenol ; SBR ; Bioaugmentation ; Metagenomic sequencing ; Microbial community structure ; Phanerochaete chrysosporium

刊名：Journal of Hazardous Materials

出版年：2017

7.Deciphering upper respiratory tract microbiota complexity in healthy calves and calves that develop respiratory disease using shotgun metagenomics

作者：Natá ; lia C. Gaeta^* ; Svetlana F. Lima^&dagger ; ; Andre G. Teixeira^&dagger ; ; Erika K. Ganda^&dagger ; ; Georgios Oikonomou^&dagger ; ; ^&Dagger ; ; Lilian Gregory^* ; Rodrigo C. Bicalho^&dagger ; ; ^{rcb28@cornell.edu}

关键词：bovine respiratory disease ; whole-genome sequencing ; calf

刊名：Journal of Dairy Science

出版年：2017

8.Enantiomeric separation of pharmaceutically important drug intermediates using a Metagenomic lipase and optimization of its large scale production

作者：Rakesh Kumar^a ; ¹ ; Linga Banoth^b ; Uttam Chand Banerjee^b ; Jagdeep Kaur^a ; ^{jagsekhon@yahoo.com}

关键词：Lipase ; transesterification ; Ionic liquid ; kinetic resolution ; Naphthyl ethanol ; Indanol ; Fermentation ; agitation ; aeration

刊名：International Journal of Biological Macromolecules

出版年：2017

9.Effect of feeding Lactobacillus plantarum P-8 on the faecal microbiota of broiler chickens exposed to lincomycin

作者：Pengfei Gao¹ ; Qiangchuan Hou¹ ; Lai-Yu Kwok ; Dongxue Huo ; Shuzhen Feng ; Heping Zhang ; ^{hepingdd@vip.sina.com}

关键词：Gut microbiota ; Probiotics ; Metagenomics ; Antibiotics

刊名：Science Bulletin

出版年：2017

10.Using Prokaryotes for Carbon Capture Storage

作者：Natalie Hicks¹ ; ⁵ ; ^{natalie.hicks@sams.ac.uk} ; Unni Vik² ; ⁵ ; ^{unni.vik@ibv.uio.no} ; Peter Taylor¹ ; Efthymios Ladoukakis³ ; Joonsang Park⁴ ; Frangiskos Kolisis³ ; Kjetill S. Jakobsen² ; ^{k.s.jakobsen@ibv.uio.no}

关键词：carbon capture and storage ; CO2 fixation ; metagenomics ; metabolic pathways ; microbial communities ; synthetic biology

刊名：Trends in Biotechnology

出版年：2017

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