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1. Emergence of hydrogen bonds from molecular dynamics simulation of substituted N-phenylthiourea–catechol oxidase complex

作者： Kyung-Lae Park

关键词：Molecular mechanics ; Catechol oxidase ; Molecular dynamics ; Hydrogen bond

刊名：Archives of Pharmacal Research

出版年：2017

2. Modulating Mobility: a Paradigm for Protein Engineering?

作者： Margaret McAuley ; David J. Timson

关键词：Enzyme engineering ; Molecular dynamics ; Protein flexibility ; Active site ; Biocatalysis ; Conformational change

刊名：Applied Biochemistry and Biotechnology

出版年：2017

3. Thermodynamic and kinetic stability of the Josephin Domain closed arrangement: evidences from replica exchange molecular dynamics

作者： Gianvito Grasso ; Jack A. Tuszynski ; Umberto Morbiducci ; Ginevra Licandro…

关键词：Ataxin ; Replica exchange molecular dynamics ; Neurodegenerative ; Josephin Domain ; Protein plasticity ; Kinetics ; Thermodynamics

刊名：Biology Direct

出版年：2017

4. Effect of methyl groups on conformational properties of small ionized comb-like polyelectrolytes at the atomic level

作者： Hongxia Zhao ; Jiaping Liu ; Qianping Ran ; Yong Yang…

关键词：Conformation ; Flexibility ; Methyl groups ; Molecular dynamics simulations ; Polycarboxylate ether ; Screen effect

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2017

5. In silico approach to explore the disruption in the molecular mechanism of human hyaluronidase 1 by mutant E268K that directs Natowicz syndrome

作者： D. Meshach Paul ; R. Rajasekaran

关键词：Conformational sampling ; Lysosomal storage disorder ; Hyaluronidase ; Mucopolysaccharidoses ; Docking ; Steered molecular dynamics

刊名：European Biophysics Journal

出版年：2017

6. Computational identification of novel entry inhibitor scaffolds mimicking primary receptor CD4 of HIV-1 gp120

作者： Alexander M. Andrianov ; Ivan A. Kashyn…

关键词：Cellular receptor CD4 ; HIV ; 1 gp120 protein ; Molecular docking ; Molecular dynamics ; Peptidomimetics ; Small molecule CD4 ; antagonists ; Virtual screening

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2017

7. Action-FRET of a Gaseous Protein

作者： Steven Daly ; Geoffrey Knight…

关键词：FRET ; Ubiquitin ; Molecular dynamics ; Action FRET

刊名：Journal of The American Society for Mass Spectrometry

出版年：2017

8. Chemotherapeutic drug selectivity between wild-type and mutant BRaf kinases in colon cancer

作者： Jianchun Zhang ; Tao Ji

关键词：Activation loop ; BRaf kinase ; Chemotherapeutic drug ; Colon cancer ; Phosphorylation

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2017

9. Conformation-dependent affinity of Cu(II) ions peptide complexes derived from the human Pin1 protein

作者： Dorota Uber ; Dariusz Wyrzykowski…

关键词：Peptide conformationβ ; Hairpin ; hPin1 peptides ; NMR

刊名：Journal of Thermal Analysis and Calorimetry

出版年：2017

10. A combined treatment of hydration and dynamical effects for the modeling of host–guest binding thermodynamics: the SAMPL5 blinded challenge

作者： Rajat Kumar Pal ; Kamran Haider ; Divya Kaur…

关键词：SAMPL5 ; Hydration Site Analysis (HSA) ; Debye–Hückel ; Salt effects ; AGBNP2 ; BEDAM

刊名：Journal of Computer-Aided Molecular Design

出版年：2017

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