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1. Self-healing umbrella sampling: convergence and efficiency

作者： Gersende Fort ; Benjamin Jourdain ; Tony Lelièvre ; Gabriel Stoltz

关键词：Wang–Landau algorithm ; Stochastic approximation algorithm ; Free energy biasing techniques

刊名：Statistics and Computing

出版年：2017

2. Molecular dynamics simulation of the sliding of distamycin anticancer drug along DNA: interactions and sequence selectivity

作者： Seifollah Jalili ; Mina Maddah

关键词：Molecular dynamics simulation ; Umbrella sampling ; Distamycin ; Minor groove binders ; Sequence selectivity

刊名：Journal of the Iranian Chemical Society

出版年：2017

3. Conformational analysis of short polar side-chain amino-acids through umbrella sampling and DFT calculations

作者： Javier Ramos ; Victor L. Cruz

关键词：OPLS ; AA ; NMR j ; coupling ; DFT ; Amino acids

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2016

4. Probing the ATP-induced conformational flexibility of the PcrA helicase protein using molecular dynamics simulation

作者： Anil R. Mhashal ; Chandan Kumar Choudhury ; Sudip Roy

关键词：ATP ; DNA helicase ; PcrA ; Translocation ; Unwinding ; Umbrella sampling ; Residue reorientation

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2016

5. Kissing loop interaction in adenine riboswitch: insights from umbrella sampling simulations

作者： Francesco Di Palma ; Sandro Bottaro ; Giovanni Bussi

关键词：adenine riboswitch ; molecular dynamics ; umbrella sampling ; loop ; loop interaction ; kissing complex

刊名：BMC Bioinformatics

出版年：2015

6. Thermodynamic free energy methods to investigate shape transitions in bilayer membranes

作者： N. Ramakrishnan ; Richard W. Tourdot…

刊名：International Journal of Advances in Engineering Sciences and Applied Mathematics

出版年：2016

7. Atomistic molecular dynamics simulations on the interaction of TEMPO-oxidized cellulose nanofibrils in water

作者： Antti Paajanen ; Yogesh Sonavane ; Dominika Ignasiak ; Jukka A. Ketoja…

关键词：Cellulose nanofibril ; Functionalization ; TEMPO ; oxidation ; Molecular dynamics ; Electrostatic interaction

刊名：Cellulose

出版年：2016

8. In silico study of amphiphilic nanotubes based on cyclic peptides in polar and non-polar solvent

作者： Vinodhkumar Vijayakumar ; Ramadoss Vijayaraj…

关键词：Peptide conformation ; In silico modelling ; Simulation techniques ; Free energy calculations ; Steered molecular dynamics simulations ; Cyclic peptide nanotubes

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2016

9. REMD and umbrella sampling simulations to probe the energy barrier of the folding pathways of engrailed homeodomain

作者：Vinod Jani (1)
Uddhavesh B. Sonavane (1)
Rajendra Joshi (1)

关键词：Amber United atom model ; Population landscape ; Replica exchange molecular dynamics simulations ; Umbrella sampling

刊名：Journal of Molecular Modeling

出版年：2014

10. Gaining insight into cell wall cellulose macrofibril organisation by simulating microfibril adsorption

作者： Daniel P. Oehme ; Monika S. Doblin ; John Wagner ; Antony Bacic…

关键词：Molecular dynamics ; Cellulose ; Microfibril ; Macrofibril ; Umbrella sampling ; Adsorption

刊名：Cellulose

出版年：2015

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