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1. Further analysis reveals new gut microbiome markers of type 2 diabetes mellitus

作者： Xiaokai Wang ; Xiaoqiang Xu ; Yan Xia

关键词：Gut microbiome ; Metagenome ; T2DM ; Virulence factor ; Antibiotic resistance

刊名：Antonie van Leeuwenhoek

出版年：2017

2. An integrative Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for the analysis of taxonomic abundances in microbiome data

作者： W. Duncan Wadsworth ; Raffaele Argiento ; Michele Guindani…

关键词：Bayesian hierarchical model ; Data integration ; Dirichlet ; multinomial ; Microbiome data ; Variable selection

刊名：BMC Bioinformatics

出版年：2017

3. A fast and robust protocol for metataxonomic analysis using RNAseq data

作者： Jeremy W. Cox ; Richard A. Ballweg ; Diana H. Taft ; Prakash Velayutham…

关键词：Microbiome ; Metagenome ; Metatranscriptome ; Metataxonomics ; RNAseq ; Assembly of shotgun reads ; Altered Schaedler flora

刊名：Microbiome

出版年：2017

4. Negative binomial mixed models for analyzing microbiome count data

作者： Xinyan Zhang ; Himel Mallick ; Zaixiang Tang ; Lei Zhang ; Xiangqin Cui…

关键词：Count data ; Correlated measures ; Microbiome ; Metagenomics ; Random effects ; Negative binomial model ; Penalized Quasi ; likelihood

刊名：BMC Bioinformatics

出版年：2017

5. The ruminal microbiome associated with methane emissions from ruminant livestock

作者： Ilma Tapio ; Timothy J. Snelling…

关键词：Archaea ; Methane ; Microbiome ; Rumen

刊名：Journal of Animal Science and Biotechnology

出版年：2017

6. Comparative analysis of the microbial community in the sediments of two constructed wetlands differentially influenced by the concentrated poultry feeding operations

作者： Chang Yoon Jeong ; Jong Hyun Ham

关键词：Constructed wetlands ; High ; throughput sequencing analysis for microbiome ; Microbial community ; Sediment

刊名：Journal of Soils and Sediments

出版年：2017

7. Fast and simple protein-alignment-guided assembly of orthologous gene families from microbiome sequencing reads

作者： Daniel H. Huson ; Rewati Tappu ; Adam L Bazinet ; Chao Xie ; Michael P. Cummings…

关键词：Sequence assembly ; String graph ; Functional analysis ; Software

刊名：Microbiome

出版年：2017

8. Distinguishing potential bacteria-tumor associations from contamination in a secondary data analysis of public cancer genome sequence data

作者： Kelly M. Robinson ; Jonathan Crabtree ; John S. A. Mattick…

关键词：Microbiome ; Cancer ; Batch effects ; Genome sequencing ; Cancer ; associated bacteria ; Acinetobacter ; Pseudomonas ; Stomach adenocarcinoma ; Acute myeloid leukemia

刊名：Microbiome

出版年：2017

9. MiRKAT-S: a community-level test of association between the microbiota and survival times

作者： Anna Plantinga ; Xiang Zhan ; Ni Zhao ; Jun Chen ; Robert R. Jenq ; Michael C. Wu

关键词：Survival data ; Kernel machine regression ; Distance ; based analysis ; Community ; level analysis

刊名：Microbiome

出版年：2017

10. Metagenomic insights into the rumen microbial fibrolytic enzymes in Indian crossbred cattle fed finger millet straw

作者： V. Lyju Jose ; Thulasi Appoothy ; Ravi P. More ; A. Sha Arun

关键词：Rumen ; Fibrolytic enzymes ; Plant polysaccharides ; Metagenomics ; Microbiome

刊名：AMB Express

出版年：2017

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